Milsami Orhei es un club cuya historia comenzó en 2005 en el pueblo de Step-Soci, en el distrito de Orhei. El equipo fue fundado como Viitorul Step-Soci y disputó su primer partido oficial en el fútbol moldavo el 21 de agosto de 2005. En 2008, el club se trasladó a Orhei y pasó a llamarse Viitorul Orhei, antes de adoptar el nombre Milsami Orhei en 2010. En 2011 se produjo una fusión con Ursidos Chișinău, tras la cual el equipo pasó temporalmente a denominarse Milsami-Ursidos, antes de recuperar posteriormente el nombre Milsami.
El primer gran éxito del club llegó en 2012. Milsami-Ursidos conquistó la Copa de Moldavia al derrotar al CSCA-Rapid Chișinău en la final por penaltis. El partido terminó 0-0 después de 120 minutos y Milsami se impuso por 5-3 en la tanda. Fue el primer gran trofeo de la historia del club.
El capítulo más importante de la historia de Milsami comenzó en la temporada 2014/15. El club ganó por primera vez el campeonato de Moldavia, en una última jornada especialmente dramática. Milsami derrotó al Dacia Chișinău por 2-1 y tres equipos terminaron empatados a 55 puntos. El título se decidió finalmente por los resultados de los enfrentamientos directos. Fue la primera vez que un club situado fuera de Chișinău y Tiraspol conquistó el campeonato moldavo.
El campeonato de 2015 abrió además el capítulo europeo más memorable de la historia del club. En la segunda ronda de clasificación de la Liga de Campeones 2015/16, Milsami eliminó al campeón búlgaro Ludogorets Razgrad. Después de ganar 1-0 en Bulgaria, el equipo moldavo venció 2-1 en el partido de vuelta y se impuso 3-1 en el global. Fue la primera eliminatoria que Milsami superó en la Liga de Campeones. En la tercera ronda, el club se enfrentó al Skënderbeu Korçë de Albania, ante el que perdió la eliminatoria y quedó fuera de la ronda de play-off.
La experiencia europea de Milsami había comenzado antes de conquistar el campeonato. En la Liga Europa de la UEFA 2013/14, el club superó dos rondas de clasificación antes de caer eliminado frente al francés Saint-Étienne. Sin embargo, la victoria contra Ludogorets sigue siendo el mayor logro europeo y el resultado internacional más recordado del club de Orhei.
El club tuvo que esperar otra década para conquistar su segundo campeonato moldavo. En la temporada 2024/25, Milsami aseguró el título en la última jornada tras empatar 0-0 como visitante frente al Sheriff Tiraspol. El punto permitió al equipo terminar primero, un punto por delante de Sheriff y Zimbru Chișinău. Fue el segundo campeonato de la historia del club de Orhei.
El palmarés nacional de Milsami incluye actualmente dos campeonatos de Moldavia, conquistados en 2015 y 2025, y dos Copas de Moldavia, ganadas en 2012 y 2018. El club también ha conquistado dos Supercopas de Moldavia, en 2012 y 2019. El segundo triunfo copero llegó en 2018, cuando Milsami derrotó al Zimbru Chișinău por 2-0 tras la prórroga; ambos goles fueron marcados por Maxim Antoniuc.
Entre las figuras importantes de la historia del club se encuentran Iurie Osipenco, entrenador del equipo campeón en 2015, y Serghei Clescenco, que dirigió al conjunto en su primer triunfo en la Copa de Moldavia en 2012. Entre los jugadores vinculados a la campaña europea más recordada destacan Romeo Surdu, delantero rumano y capitán en 2015, y Alexandru Antoniuc, autor del gol de la victoria en el primer partido contra Ludogorets.
El club disputa sus partidos como local en el Complexul Sportiv Raional Orhei, que fue inaugurado en su forma moderna en 2007 después de una reconstrucción. El estadio está estrechamente ligado al club desde su traslado a Orhei y continúa siendo un elemento importante de su identidad local. Los materiales oficiales de Milsami señalan el blanco y el rojo como sus colores, mientras que el apodo del equipo es Los Águilas Rojas.
Milsami Orhei es, por tanto, un club relativamente joven con un palmarés claramente definido: dos campeonatos moldavos, dos Copas de Moldavia, dos Supercopas y la memorable eliminación de Ludogorets en la fase de clasificación de la Liga de Campeones. Un elemento especialmente significativo de su historia es que su primer campeonato, en 2015, puso fin a un largo periodo de dominio de los clubes de Chișinău y Tiraspol. Diez años después, Milsami volvió a conquistar el título y confirmó su posición entre los principales clubes del fútbol moldavo contemporáneo.