El FC Twente nació el 1 de julio de 1965 tras la fusión de dos eternos rivales de Enschede, el Sportclub Enschede y el Enschedese Boys. La decisión quedó en la memoria de los aficionados como la "noche de Vrieler", la noche del 13 al 14 de abril de 1965, cuando los socios de ambos clubes, pese a décadas de enemistad, votaron a favor de la unión para salvar el fútbol profesional en la ciudad. El nuevo club heredó el puesto del SC Enschede en la Eredivisie.
Conocido como De Tukkers, el equipo pasó décadas entre los mejores del fútbol neerlandés, pero tuvo que esperar hasta la temporada 2009-10 para conquistar su primer título de liga. Dirigidos por el inglés Steve McClaren, los de Enschede terminaron un punto por delante del Ajax y, el 2 de mayo de 2010, sellaron un triunfo 2-0 como visitantes ante el NAC Breda para hacerse con el primer campeonato de Eredivisie de su historia. El Twente suma además tres Copas de los Países Bajos y dos Supercopas neerlandesas (Johan Cruyff Schaal).
El episodio europeo más relevante de la historia del club sigue siendo la final de la Copa de la UEFA de 1975. Tras un primer partido sin goles en Düsseldorf, el Twente cayó 1-5 en la vuelta ante el Borussia Mönchengladbach, disputada en el Diekman Stadion de Enschede ante más de 21.000 espectadores; sigue siendo el acercamiento más cercano del club a un título europeo.
Desde 1998, el Twente disputa sus partidos como local en el estadio conocido hoy como De Grolsch Veste, construido en el solar del histórico Diekman Stadion. El equipo viste tradicionalmente de rojo por completo, con el emblema del caballo de Twente, y con ribetes que recuerdan a los colores de sus dos clubes fundadores.