FC Twente powstał 1 lipca 1965 roku z fuzji dwóch odwiecznie zwaśnionych klubów z Enschede – Sportclub Enschede oraz Enschedese Boys. Decyzję o połączeniu kibice zapamiętali jako "noc Vrielera", czyli noc z 13 na 14 kwietnia 1965 roku, gdy członkowie obu klubów, mimo dziesięcioleci wzajemnej niechęci, zgodzili się na fuzję ratującą zawodowy futbol w mieście. Nowy klub przejął miejsce SC Enschede w Eredivisie.
Drużyna, znana jako De Tukkers, przez dekady należała do czołówki holenderskiej ligi, jednak na pierwsze mistrzostwo kraju musiała czekać aż do sezonu 2009/2010. Prowadzeni przez Anglika Steve'a McClarena piłkarze wyprzedzili w tabeli Ajax o jeden punkt i 2 maja 2010 roku, wygrywając na wyjeździe z NAC Breda 2:0, sięgnęli po pierwszy w historii klubu tytuł mistrza Holandii. Do dorobku Twente należą również trzy triumfy w Pucharze Holandii oraz dwa Superpuchary kraju (Johan Cruyff Schaal).
Najważniejszym europejskim rozdziałem w historii klubu pozostaje finał Pucharu UEFA 1975. Po bezbramkowym pierwszym meczu w Düsseldorfie Twente uległo w rewanżu Borussii Mönchengladbach 1:5, a spotkanie rozegrano na Diekman Stadion w Enschede przed ponad 21 tysiącami widzów. To wciąż najbliższe podejście klubu do zdobycia europejskiego trofeum.
Od 1998 roku Twente rozgrywa mecze domowe na stadionie znanym dziś jako De Grolsch Veste, wzniesionym w miejscu historycznego Diekman Stadion. Zespół tradycyjnie występuje w czerwonych koszulkach z herbem przedstawiającym Twentskiego Rosa (konia), których wykończenia nawiązują barwami do obu klubów-założycieli.