Neftçi PFK zalicza się do najbardziej utytułowanych i rozpoznawalnych klubów piłkarskich w Azerbejdżanie. Został założony 18 marca 1937 roku w Baku przez pracowników sektora naftowego, co przełożyło się na tradycyjne, czarno-białe barwy symbolizujące „czarne złoto” oraz przydomki nawiązujące do nafciarzy. Początkowo zespół nosił nazwę Neftyanik, pod którą zadebiutował w rozgrywkach o Puchar ZSRR w maju 1937 roku. Nazwę Neftçi przyjęto oficjalnie w 1968 roku.
W czasach radzieckich stołeczna drużyna rozegrała łącznie 27 sezonów w radzieckiej ekstraklasie. Największym sukcesem w tym okresie było wywalczenie brązowego medalu mistrzostw ZSRR w 1966 roku. Kluczową postacią tamtej ekipy był napastnik Anatolij Baniszewski, wybitny reprezentant Związku Radzieckiego, który całą seniorską karierę związał z klubem z Baku. Obok niego o sile zespołu stanowili m.in. Kazbek Tuajew czy bramkarz Siergiej Kramarenko. Po odzyskaniu niepodległości przez Azerbejdżan Neftczi stał się czołową siłą krajowego futbolu, zdobywając do tej pory 9 tytułów mistrza kraju, 6 Pucharów Azerbejdżanu oraz 2 Superpuchary.
Klub zapisał się także na kartach historii występów na arenie międzynarodowej. W sezonie 2012/2013 Neftczi został pierwszym zespołem z Azerbejdżanu, który wywalczył awans do fazy grupowej rozgrywek UEFA (Ligi Europy). W decydującej rundzie kwalifikacji wyeliminował serbski Partizan Belgrad, a w fazie grupowej mierzył się m.in. z Interem Mediolan. Swoje mecze w roli gospodarza drużyna rozgrywa na obiekcie Neftçi Arena w Baku.