«Зимбру» Кишинёв — один из важнейших клубов в истории молдавского футбола, чьи корни уходят в советскую эпоху. Официальной датой основания считается 16 мая 1947 года, когда «Динамо» Кишинёв дебютировало в чемпионате СССР. В последующие десятилетия клуб несколько раз менял название: команда выступала как «Буревестник», «Молдова», «Авынтул» и «Нистру», прежде чем в 1991 году получила название «Зимбру». Традиционные жёлто-зелёные цвета стали важной частью идентичности клуба. Название «Зимбру» связано с европейским зубром, одним из символов региона.
В советский период клуб провёл одиннадцать сезонов в высшем дивизионе. Лучшим результатом стало шестое место в 1956 году. «Зимбру» также вошёл в историю советского футбола благодаря необычному матчу со «Спартаком» Москва. 11 сентября 1957 года кишинёвская команда уступала в Москве со счётом 0:4, но сумела отыграться и завершить встречу вничью 4:4. По данным Федерации футбола Молдовы, это был единственный подобный случай в истории советского футбола.
После обретения Молдовой независимости «Зимбру» стал главной силой нового национального чемпионата. Это единственный клуб, который участвовал во всех розыгрышах высшего дивизиона Молдовы. В первое десятилетие национального чемпионата команда завоевала восемь чемпионских титулов — в 1992–1996 и 1998–2000 годах. Последнее из этих чемпионств было выиграно в 2000 году. Впоследствии доминирование перешло к «Шерифу» из Тирасполя, однако «Зимбру» остаётся одним из самых титулованных клубов молдавского футбола.
В национальный список достижений входят также шесть Кубков Молдовы, выигранных в 1997, 1998, 2003, 2004, 2007 и 2014 годах, а также один Суперкубок Молдовы, завоёванный в 2014 году. Финал Кубка Молдовы 2014 года имел особое значение: «Зимбру» победил «Шериф» со счётом 3:1. Это был первый крупный трофей клуба за семь лет и возвращение в число ведущих команд страны после длительного периода превосходства соперника из Тирасполя.
«Зимбру» стал первым молдавским клубом, сыгравшим в Лиге чемпионов УЕФА. Дебют состоялся в предварительном раунде сезона 1993/94, вскоре после того, как молдавские клубы начали участвовать в европейских соревнованиях. В дальнейшем команда неоднократно выступала в квалификации Кубка УЕФА, Лиги Европы и Лиги конференций. Одним из наиболее успешных европейских противостояний стал сезон 1999/2000, когда «Зимбру» дважды победил «Сент-Патрикс Атлетик», выиграв двухматчевое противостояние с общим счётом 10:0. В том же розыгрыше Кубка УЕФА кишинёвская команда встретилась с «Тоттенхэмом» в первом раунде.
С клубом были связаны несколько важных фигур молдавского футбола. Среди них — Игорь Добровольский, один из наиболее известных футболистов, родившихся в Молдове, а также Павел Чебану, впоследствии ставший одной из заметных фигур в управлении молдавским футболом. «Зимбру» сыграл важную роль и в подготовке футболистов для сборной Молдовы после обретения независимости.
Домашние матчи «Зимбру» Кишинёв проводит на стадионе «Зимбру», открытом в 2006 году. Арена стала главным домашним стадионом клуба и одним из основных футбольных объектов Молдовы. Традиционные жёлто-зелёные цвета, история, начинающаяся в 1947 году, и восемь чемпионских титулов, завоёванных в первое десятилетие независимого молдавского футбола, делают «Зимбру» Кишинёв одним из наиболее исторически значимых и титулованных клубов страны.