«Арарат-Армения» — один из самых молодых клубов, сумевших за короткий период занять заметное место в армянском футболе. Его история началась в 2017 году, когда в Ереване был создан «Аван Академия» на базе молодых футболистов, связанных с ереванской футбольной академией и «Пюником». В 2018 году клуб перешёл под контроль предпринимателя Самвела Карапетяна, а после выхода в высший дивизион получил нынешнее название «Арарат-Армения».
В высшем дивизионе команда сразу добилась крупного успеха. В сезоне 2018/19 «Арарат-Армения» впервые стал чемпионом Армении — всего через год после повышения в классе. В следующем сезоне команда вновь заняла первое место. Таким образом, за первые два сезона в элите клуб завоевал два чемпионских титула Армении.
Значимым эпизодом стала и Кубок Армении сезона 2019/20. «Арарат-Армения» впервые вышел в финал турнира, где встретился с «Ноа». Матч 10 июля 2020 года завершился необычным счётом 5:5 после дополнительного времени, а в серии пенальти победил «Ноа» — 7:6. Таким образом, Кубок Армении пока не входит в число трофеев «Арарат-Армении», однако тот финал остаётся одним из самых памятных матчей в истории клуба.
Быстрый рост клуба в национальном футболе вскоре получил продолжение в еврокубках. «Арарат-Армения» дебютировал в квалификации Лиги чемпионов в 2019 году, а затем провёл успешную кампанию в Лиге Европы. После поражения от АИК в квалификации Лиги чемпионов армянская команда продолжила выступление в Лиге Европы, где прошла гибралтарский «Линкольн Ред Импс», выиграв оба матча с общим счётом 4:1. Затем клуб дошёл до раунда плей-офф, где уступил «Дюделанжу». Эта кампания остаётся одним из наиболее заметных европейских выступлений клуба.
В последующие годы «Арарат-Армения» регулярно участвовал в квалификации европейских турниров. Одним из наиболее заметных успехов стал противостояние с «Университатей Клуж» в Лиге конференций 2025/26. После домашней ничьей 0:0 армянский клуб победил в Румынии 2:1 в дополнительное время и прошёл в третий квалификационный раунд. Там «Арарат-Армения» уступил «Спарте» Прага с общим счётом 2:6.
Одной из важных фигур первых успехов клуба был тренер Вардан Минасян, руководивший командой в чемпионском сезоне 2019/20. «Арарат-Армения» также привлекал футболистов с опытом выступлений в различных европейских чемпионатах, благодаря чему команда приобрела международный характер. Домашние матчи клуб проводит в Ереване, в том числе используя Республиканский стадион имени Вазгена Саргсяна, один из главных футбольных стадионов Армении.
История «Арарат-Армении» — это прежде всего история стремительного развития. С момента основания в 2017 году, через смену названия и выход в высший дивизион, клубу потребовалось всего два сезона, чтобы дважды выиграть чемпионат Армении. Его национальная история значительно короче, чем у традиционных армянских грандов, однако регулярное участие в европейской квалификации позволило «Арарат-Армении» быстро стать одним из заметных клубов современного армянского футбола.