«Мальмё ФФ» неразрывно ассоциируется с небесно-голубым цветом, однако начинал клуб вовсе не в этих тонах. Он был основан 24 февраля 1910 года, когда 19 членов футбольной секции клуба BK Idrott, годом ранее откололась от местного соперника IFK Malmö, собрались в ресторане за трибуной стадиона Malmö IP и основали Malmö Fotbollförening. Первым председателем клуба стал Вернер Мортенссон. Новая команда поначалу сохранила сине-белую полосатую форму BK Idrott, но уже спустя несколько месяцев сменила её на красно-белую, подчеркнув тем самым свою самостоятельность. Лишь в 1920 году, во время летнего турне по Германии, команда впервые вышла на поле в небесно-голубых футболках, а два года спустя ежегодное собрание клуба официально утвердило небесно-голубой и белый в качестве клубных цветов — отсюда и прозвища «Ди Бло» и «Химмельсблотт» («Небесно-голубые»).
Свой первый чемпионский титул «Мальмё ФФ» завоевал в сезоне 1943/44, в том же году добавив к нему и национальный кубок. С этого момента клуб закрепил за собой статус самого титулованного в Швеции: по собственным данным клуба, на его счету 24 чемпионских титула и 16 Кубков Швеции, а также рекордное число побед в лиге за всю историю Allsvenskan. Особенно успешными для команды стали 1970-е годы, принёсшие пять чемпионских титулов и четыре кубка за одно десятилетие.
Вершиной европейской истории клуба стал сезон 1978/79, когда «Мальмё ФФ» стал единственным клубом из стран Северной Европы, дошедшим до финала Кубка европейских чемпионов. В финале на мюнхенском «Олимпиаштадионе» команда уступила со счётом 0:1 английскому «Ноттингем Форесту», однако сам выход в финал был отмечен золотой медалью газеты Svenska Dagbladet как выдающееся достижение шведского спорта того года. В том же сезоне «Мальмё ФФ» также стал единственным нордическим клубом, сыгравшим в Межконтинентальном кубке.
До 1957 года команда проводила домашние матчи на стадионе Malmö IP, а затем полвека — на построенном к чемпионату мира 1958 года стадионе Malmö Stadion. С 13 апреля 2009 года клуб выступает на современном стадионе Eleda Stadion (ранее известном под коммерческим названием Swedbank Stadion) вместимостью 22 500 зрителей. Сегодня «Мальмё ФФ» остаётся постоянным участником еврокубков, в последние годы неоднократно выходя в групповой этап Лиги чемпионов УЕФА, что делает его самым узнаваемым шведским клубом на международной арене.