Malmö FF przez większość swojej historii kojarzy się z charakterystycznym błękitem, jednak klub wcale nie zaczynał w tych barwach. Powstał 24 lutego 1910 roku, gdy 19 członków oddziału piłkarskiego klubu BK Idrott, który rok wcześniej odłączył się od rywala IFK Malmö, spotkało się w restauracji za trybunami stadionu Malmö IP i założyło Malmö Fotbollförening. Pierwszym prezesem został Werner Mårtensson. Nowy zespół przejął po BK Idrott niebiesko-białe pasy, lecz już po kilku miesiącach zmienił je na czerwono-białe, by podkreślić swoją odrębność. Dopiero w 1920 roku, podczas letniego tournée po Niemczech, drużyna po raz pierwszy wystąpiła w błękitnych koszulkach, a dwa lata później walne zgromadzenie klubu oficjalnie zatwierdziło błękit i biel jako barwy oficjalne – stąd wzięły się przydomki „Di Blåe” i „Himmelsblått” (Błękitni).
Pierwsze mistrzostwo Szwecji Malmö FF zdobyło w sezonie 1943/44, tego samego roku sięgając też po krajowy puchar. Od tego momentu klub zbudował pozycję najbardziej utytułowanej drużyny w kraju – według danych klubowych do dziś zgromadził 24 tytuły mistrza Szwecji oraz 16 Pucharów Szwecji, a do tego rekordową liczbę triumfów w Allsvenskan liczonych łącznie z wcześniejszymi formatami rozgrywek. Szczególnie owocna była dekada lat 70., gdy zespół zdobył pięć mistrzostw kraju i cztery puchary.
Szczytem europejskich osiągnięć klubu pozostaje sezon 1978/79, w którym Malmö FF jako jedyny zespół z krajów nordyckich w historii dotarło do finału Pucharu Europy Mistrzów Krajowych. W decydującym meczu na Munich Olympiastadion drużyna uległa 0:1 Nottingham Forest, jednak sam awans do finału został uhonorowany złotym medalem dziennika „Svenska Dagbladet” jako najwybitniejsze osiągnięcie szwedzkiego sportu tamtego roku. W tym samym sezonie Malmö FF jako jedyny klub nordycki wystąpiło również w Pucharze Interkontynentalnym.
Do 1957 roku zespół rozgrywał mecze domowe na Malmö IP, następnie przez pół wieku na wybudowanym z okazji mistrzostw świata w 1958 roku Malmö Stadion. Od 13 kwietnia 2009 roku klub gra na nowoczesnym Eleda Stadion (znanym wcześniej pod nazwą sponsorską Swedbank Stadion) mieszczącym 22 500 widzów. Dziś Malmö FF pozostaje regularnym uczestnikiem europejskich pucharów, w ostatnich latach kilkukrotnie awansując do fazy grupowej Ligi Mistrzów, co czyni go najbardziej rozpoznawalnym szwedzkim klubem na arenie międzynarodowej.