«Истанбул Башакшехир» — один из самых молодых клубов, становившихся чемпионами Турции, хотя его история сложнее, чем может показаться по дате основания нынешней организации. В современном виде клуб был создан 4 июня 2014 года после отделения от структуры «Истанбул Бююкшехир Беледиеспор». Этот предшественник, основанный в 1990 году, является непосредственной спортивной основой нынешнего клуба. В первом сезоне после реорганизации «Башакшехир» занял четвёртое место в Суперлиге и сразу получил право выступить в квалификации Лиги Европы.
Новый клуб быстро перестал быть просто крепким участником высшего дивизиона. В сезоне 2016/17 «Истанбул Башакшехир» впервые занял второе место в чемпионате, а год спустя повторил этот результат. В последующие годы команда регулярно входила в число лидеров турецкого футбола, пока в сезоне 2019/20 не добилась крупнейшего успеха в своей истории. Под руководством Окана Бурука «Башакшехир» стал чемпионом Турции, опередив «Трабзонспор». Это было первое и пока единственное чемпионство клуба.
Титул 2020 года имел особое значение, поскольку «Башакшехир» стал редким в современном турецком футболе чемпионом за пределами традиционной группы «Галатасарая», «Фенербахче», «Бешикташа» и «Трабзонспора». Таким образом, клуб сумел нарушить привычную иерархию турецкого футбола, хотя его национальная коллекция трофеев пока значительно скромнее, чем у исторических грандов. В Кубке Турции команда дважды доходила до финала: в 2017 году проиграла «Коньяспору» в серии пенальти со счётом 1:4, а в 2023 году уступила «Фенербахче» со счётом 0:2.
Еврокубки стали ещё одним важнейшим элементом стремительного развития клуба. «Истанбул Башакшехир» регулярно участвует в квалификации турниров УЕФА с середины прошлого десятилетия. В сезоне 2017/18 команда впервые вышла в групповой этап Лиги Европы, а затем добилась ещё более заметного результата. Особенно успешным стал сезон 2019/20: «Башакшехир» выиграл группу Лиги Европы, одержав в том числе драматичную победу над «Боруссией» Мёнхенгладбах благодаря голу в добавленное время. Затем турецкий клуб отыгрался после поражения от «Спортинга» и победил 4:1 после дополнительного времени, впервые в истории выйдя в 1/8 финала европейского турнира.
В 1/8 финала соперником стал «Копенгаген». «Башакшехир» выиграл первый матч дома со счётом 1:0 благодаря позднему пенальти, реализованному Эдином Вишчей, но в ответной встрече уступил 0:3 и выбыл из турнира. Выход в 1/8 финала остаётся лучшим результатом клуба в Лиге Европы.
Вскоре после этого клуб дебютировал и в групповом этапе Лиги чемпионов. В сезоне 2020/21 «Башакшехир» одержал историческую победу над «Манчестер Юнайтед» со счётом 2:1. УЕФА указывает этот матч как крупнейшую домашнюю победу клуба в истории его выступлений в Лиге чемпионов.
Домашние матчи команда проводит на стадионе «Башакшехир Фатих Терим», открытом в 2014 году и названном в честь одного из самых известных турецких тренеров. Арена стала важной частью новой идентичности клуба. Традиционные цвета «Истанбул Башакшехира» — оранжевый и тёмно-синий, а команда известна под прозвищем «Байкуш», то есть «Совы».
Одной из важнейших фигур современной истории клуба является Эдин Вишча, на протяжении многих сезонов бывший одним из лидеров команды. УЕФА указывает боснийца как лучшего бомбардира «Башакшехира» в истории Лиги Европы — на его счету 11 голов. Важную роль в развитии клуба сыграли также тренеры Абдуллах Авджи и Окан Бурук, при которых команда прошла путь от амбициозного участника высшего дивизиона до чемпиона Турции.
История «Истанбул Башакшехира» необычна для турецкого футбола. Клуб в нынешнем виде был создан только в 2014 году, а уже через шесть лет стал чемпионом страны. Одно чемпионство, два финала Кубка Турции, регулярное участие в еврокубках, выход в 1/8 финала Лиги Европы и победа над «Манчестер Юнайтед» показывают масштаб его развития. За короткий срок «Башакшехир» сумел сформировать собственное место рядом с традиционными грандами Стамбула.