İstanbul Başakşehir należy do najmłodszych klubów, które zdobyły mistrzostwo Turcji, ale jego historia jest nieco bardziej złożona niż sugeruje data powstania obecnej organizacji. Klub w obecnej formie został założony 4 czerwca 2014 roku, kiedy wydzielono go ze struktur İstanbul Büyükşehir Belediyespor. To właśnie ten poprzednik, działający od 1990 roku, stanowi bezpośrednie źródło sportowej tradycji obecnego zespołu. W pierwszym sezonie po reorganizacji Başakşehir zajął czwarte miejsce w Süper Lig i już wtedy wywalczył awans do kwalifikacji Ligi Europy.
Nowy klub bardzo szybko przestał być jedynie solidnym uczestnikiem tureckiej ekstraklasy. W sezonie 2016/17 İstanbul Başakşehir po raz pierwszy zakończył ligę na drugim miejscu, a rok później powtórzył ten wynik. W kolejnych latach regularnie znajdował się w ścisłej czołówce, aż w sezonie 2019/20 osiągnął największy sukces w swojej historii. Drużyna prowadzona przez Okan Buruka zdobyła mistrzostwo Turcji, wyprzedzając Trabzonspor. Był to pierwszy i jak dotąd jedyny tytuł mistrzowski klubu.
Mistrzostwo z 2020 roku było szczególne również dlatego, że Başakşehir stał się pierwszym mistrzem Turcji spoza tradycyjnej czołówki reprezentowanej przez Galatasaray, Fenerbahçe, Beşiktaş i Trabzonspor od wielu lat. Klub zdołał w ten sposób przełamać dominację najbardziej utytułowanych tureckich zespołów, choć nie zbudował równie bogatej kolekcji krajowych trofeów. Najbliżej zdobycia kolejnego ważnego pucharu był w Pucharze Turcji. W 2017 roku przegrał finał z Konyasporem po rzutach karnych 1:4, a w 2023 roku uległ Fenerbahçe 0:2.
Europejskie występy są jednak tym elementem historii, który w największym stopniu ugruntował pozycję klubu. İstanbul Başakşehir regularnie występuje w kwalifikacjach europejskich od połowy poprzedniej dekady. W sezonie 2017/18 po raz pierwszy dotarł do fazy grupowej Ligi Europy, a w kolejnych latach jeszcze poprawił ten wynik. Szczególnie udana była kampania 2019/20, gdy zespół wygrał swoją grupę Ligi Europy, eliminując między innymi Borussię Mönchengladbach dzięki bramce w doliczonym czasie ostatniego meczu. Następnie odrobił straty przeciwko Sportingowi CP i po zwycięstwie 4:1 po dogrywce awansował do 1/8 finału. Był to pierwszy w historii klubu awans do wiosennej fazy europejskich rozgrywek.
W 1/8 finału przeciwnikiem był FC København. Başakşehir wygrał pierwszy mecz u siebie 1:0 po późnym rzucie karnym wykorzystanym przez Edina Višćę, ale w rewanżu przegrał 0:3 i odpadł. Sam awans do najlepszej szesnastki Ligi Europy pozostaje jednak najważniejszym osiągnięciem klubu w tych rozgrywkach.
Niedługo później klub zadebiutował także w fazie grupowej Ligi Mistrzów. W sezonie 2020/21 Başakşehir odniósł historyczne zwycięstwo 2:1 nad Manchesterem United. UEFA odnotowuje ten mecz jako największą domową wygraną klubu w historii jego występów w Lidze Mistrzów.
Domem zespołu jest Başakşehir Fatih Terim Stadium, otwarty w 2014 roku i nazwany na cześć jednego z najbardziej znanych tureckich trenerów. Stadion stał się ważnym elementem nowej tożsamości klubu. Tradycyjne barwy İstanbul Başakşehir to pomarańczowy i granatowy, a drużyna występuje pod przydomkiem „Baykuş”, czyli „Sowy”.
W historii nowoczesnego Başakşehiru szczególne miejsce zajmuje Edin Višća, który przez wiele sezonów był jednym z najważniejszych zawodników zespołu. UEFA wskazuje Bośniaka jako najlepszego strzelca klubu w historii jego występów w Lidze Europy — zdobył 11 bramek. Ważnymi postaciami byli również trenerzy Abdullah Avcı i Okan Buruk, którzy odegrali kluczową rolę w drodze od ligowej czołówki do mistrzostwa Turcji.
Historia İstanbul Başakşehir jest więc nietypowa na tle tureckiej piłki. Klub powstał w obecnej formie dopiero w 2014 roku, a już sześć lat później zdobył mistrzostwo kraju. Jedno mistrzostwo, finały Pucharu Turcji, regularna obecność w europejskich rozgrywkach, awans do 1/8 finału Ligi Europy oraz zwycięstwo nad Manchesterem United pokazują skalę rozwoju zespołu. Başakşehir pozostaje przy tym przykładem klubu, który w krótkim czasie zbudował własną pozycję obok tradycyjnych potęg Stambułu.