KF Malisheva pertenece a la generación más joven de clubes que han alcanzado la élite del fútbol kosovar. El club de Malisheva fue fundado en 2016 y comenzó funcionando como una escuela de fútbol. El creciente interés de los jóvenes de la localidad llevó a transformar la academia en un club participante en las competiciones oficiales. Actualmente, Malisheva forma parte de la Superliga de Kosovo, la máxima categoría del país.
El ascenso hasta la élite fue especialmente rápido. Durante sus primeras temporadas, el equipo compitió en las categorías inferiores antes de alcanzar la Liga e Parë en la temporada 2018/19. El siguiente gran paso llegó en 2020/21, cuando Malisheva ganó esa competición y consiguió el primer ascenso de su historia a la Superliga. El club no se limitó a consolidarse en la máxima categoría. En 2023/24 terminó cuarto y obtuvo por primera vez la clasificación para una competición europea.
La temporada siguiente trajo otro avance importante. En 2024/25, Malisheva terminó tercero en la Superliga de Kosovo, la mejor posición liguera de su historia. Los 53 puntos obtenidos permitieron al club volver a disputar las rondas de clasificación de la Liga Conferencia de la UEFA. En menos de una década, el equipo pasó de ser una escuela de fútbol local a competir regularmente por la clasificación europea.
La primera participación europea del club tuvo lugar en la Liga Conferencia 2024/25. En la primera ronda de clasificación, Malisheva se enfrentó al Buducnost Podgorica. El equipo kosovar ganó 1–0 en casa, logrando la primera victoria europea de su historia, pero perdió el partido de vuelta por 3–0 y quedó eliminado. A pesar de ello, fue un momento importante al tratarse del debut internacional del club.
La historia europea del club pronto incorporó un resultado todavía más destacado. En la fase de clasificación de la Liga Conferencia 2026/27, Malisheva eliminó primero al Vllaznia Shkodër de Albania. Después de perder el primer partido por 2–1, el conjunto kosovar ganó la vuelta por un contundente 5–0 y avanzó con un marcador global de 6–2. Fue una de las victorias más importantes de la corta historia de Malisheva.
En la segunda ronda de clasificación, Malisheva se enfrentó al Hibernian escocés. El primer encuentro, disputado en Pristina, terminó con victoria local por 2–0, dejando al club kosovar con una buena oportunidad de alcanzar la siguiente ronda. Sin embargo, Hibernian ganó la vuelta en Edimburgo por 4–1, remontó la eliminatoria y eliminó a Malisheva con un marcador global de 4–3. A pesar de la eliminación, fue la campaña europea más larga de la historia del club hasta ese momento.
Malisheva todavía no ha ganado el campeonato de Kosovo ni la copa nacional. Sus principales logros siguen siendo el título de Liga e Parë de 2020/21, que permitió el histórico ascenso a la Superliga, y el tercer puesto en la Superliga 2024/25. Su rápido desarrollo también está relacionado con una fuerte apuesta por la formación. Según la información oficial del club, Malisheva cuenta con una escuela de fútbol en la que participan alrededor de 200 jóvenes de diferentes categorías.
Los colores tradicionales del club son el azul y el blanco. Malisheva disputa sus partidos como local en el Liman Gegaj Stadium, en Malisheva. En las competiciones europeas, el club también ha utilizado estadios de otras ciudades, de acuerdo con los requisitos organizativos de la UEFA.
La historia de KF Malisheva es, por tanto, una historia de rápido crecimiento. Fundado en 2016, el club alcanzó la máxima categoría apenas cinco años después. El tercer puesto en la Superliga, el debut europeo y las victorias sobre Vllaznia Shkodër y Hibernian en las eliminatorias de la Liga Conferencia muestran la velocidad con la que Malisheva se ha incorporado al panorama del fútbol europeo.