KF Malisheva należy do najmłodszej generacji klubów, które w ostatnich latach awansowały do czołówki kosowskiej piłki. Klub z Maliszewy został założony w 2016 roku, początkowo funkcjonując jako szkółka piłkarska. Rosnące zainteresowanie miejscowej młodzieży doprowadziło do przekształcenia akademii w klub uczestniczący w oficjalnych rozgrywkach. Dziś Malisheva jest członkiem Superligi Kosowa, najwyższej klasy rozgrywkowej w kraju.
Droga do elity była wyjątkowo szybka. W pierwszych sezonach zespół rywalizował na niższych poziomach, a w sezonie 2018/19 awansował do Liga e Parë. Kolejnym przełomem było zwycięstwo w tych rozgrywkach w sezonie 2020/21, które zapewniło Malishevie pierwszy w historii awans do Superligi. Klub nie zakończył jednak swojej historii na samym utrzymaniu w najwyższej klasie. W sezonie 2023/24 zajął czwarte miejsce, dzięki czemu po raz pierwszy uzyskał kwalifikację do europejskich pucharów.
Kolejny sezon przyniósł następny ważny krok. W rozgrywkach 2024/25 Malisheva wywalczyła trzecie miejsce w Superlidze Kosowa, najlepsze w dotychczasowej historii klubu. Dorobek 53 punktów pozwolił drużynie ponownie zakwalifikować się do eliminacji Ligi Konferencji UEFA. Tym samym w ciągu niespełna dekady klub przeszedł drogę od lokalnej szkółki piłkarskiej do zespołu regularnie walczącego o europejskie występy.
Pierwszy udział w europejskich rozgrywkach przypadł na Ligę Konferencji 2024/25. W pierwszej rundzie kwalifikacyjnej Malisheva zmierzyła się z Buducnostem Podgorica. Na własnym boisku odniosła zwycięstwo 1:0, będące jednocześnie pierwszą wygraną klubu w europejskich pucharach, ale w rewanżu przegrała 0:3 i odpadła z rywalizacji. Był to jednak istotny moment w krótkiej historii zespołu, ponieważ oznaczał debiut Malishevy na arenie międzynarodowej.
Europejska historia klubu szybko wzbogaciła się o jeszcze bardziej efektowne zwycięstwo. W eliminacjach Ligi Konferencji 2026/27 Malisheva najpierw wyeliminowała albańską Vllaznię Szkodra. Po porażce 1:2 w pierwszym meczu kosowski zespół wygrał rewanż aż 5:0, awansując przy łącznym wyniku 6:2. Było to jedno z najbardziej znaczących zwycięstw w dotychczasowej historii klubu.
W drugiej rundzie eliminacyjnej Malisheva trafiła na szkocki Hibernian. Pierwsze spotkanie w Prisztinie zakończyło się zwycięstwem gospodarzy 2:0, co dało kosowskiemu klubowi realną szansę na awans do kolejnej rundy. W rewanżu w Edynburgu Hibernian wygrał jednak 4:1, odwracając losy dwumeczu i eliminując Malishevę przy łącznym wyniku 4:3. Mimo odpadnięcia była to najdłuższa europejska kampania w dotychczasowej historii klubu.
Malisheva nie może jeszcze pochwalić się mistrzostwem Kosowa ani zwycięstwem w krajowym pucharze. Najważniejszymi osiągnięciami pozostają mistrzostwo Liga e Parë z 2020/21, które dało historyczny awans do Superligi, oraz trzecie miejsce w Superlidze w sezonie 2024/25. Szybki rozwój klubu jest związany również z jego nastawieniem na szkolenie młodych zawodników. Oficjalne materiały Malishevy wskazują, że klub prowadzi własną szkołę piłkarską obejmującą około 200 młodych zawodników w różnych kategoriach wiekowych.
Tradycyjne barwy klubu to niebieski i biały. Malisheva rozgrywa swoje mecze na Liman Gegaj Stadium w Maliszewie. Obiekt jest związany z lokalnym klubem od początku jego działalności, choć w europejskich rozgrywkach drużyna korzystała również ze stadionów w innych miastach, zgodnie z wymaganiami organizacyjnymi UEFA.
Historia KF Malisheva jest więc przede wszystkim opowieścią o szybkim rozwoju. Klub powstał dopiero w 2016 roku, a już pięć lat później awansował do najwyższej klasy rozgrywkowej. Trzecie miejsce w Superlidze, debiut w europejskich pucharach oraz zwycięstwa nad Vllaznią Szkodra i Hibernianem w eliminacjach Ligi Konferencji pokazują, jak szybko Malisheva stała się częścią szerszego europejskiego krajobrazu piłkarskiego.