FC Ararat-Armenia es uno de los clubes más jóvenes que han conseguido establecerse en una posición importante dentro del fútbol armenio en un periodo tan corto. Su historia comenzó en 2017, cuando se fundó en Ereván el FC Avan Academy, formado en buena medida con jóvenes vinculados a la academia de fútbol de la capital y al FC Pyunik. En 2018, el club fue adquirido por el empresario Samvel Karapetyan y, tras lograr el ascenso a la máxima categoría, adoptó el nombre de Ararat-Armenia.
El impacto en la máxima categoría fue inmediato. En la temporada 2018/19, Ararat-Armenia conquistó el campeonato nacional apenas un año después del ascenso. El equipo volvió a terminar primero en 2019/20, logrando así dos títulos de campeón de Armenia durante sus dos primeras temporadas en la máxima categoría.
La Copa de Armenia de 2019/20 también ocupa un lugar destacado en la breve historia del club. Ararat-Armenia alcanzó por primera vez la final, en la que se enfrentó al Noah. El partido, disputado el 10 de julio de 2020, terminó con un extraordinario 5-5 después de la prórroga. El Noah se impuso finalmente por 7-6 en la tanda de penaltis. Por tanto, Ararat-Armenia todavía no ha conquistado la Copa de Armenia, aunque aquella final sigue siendo uno de los partidos más memorables de su historia.
El rápido ascenso nacional también tuvo su reflejo en Europa. El club debutó en las rondas de clasificación de la Liga de Campeones en 2019 y posteriormente protagonizó una destacada campaña en la Liga Europa durante la misma temporada. Después de caer ante el AIK en la fase de clasificación de la Champions, Ararat-Armenia pasó a la Liga Europa, donde eliminó al Lincoln Red Imps de Gibraltar tras ganar los dos encuentros y el duelo por un global de 4-1. Después alcanzó la ronda de play-off, en la que fue eliminado por el Dudelange. Aquella campaña continúa siendo una de las actuaciones europeas más destacadas del club.
En las temporadas posteriores, Ararat-Armenia se convirtió en un participante habitual de las rondas de clasificación europeas. Uno de sus resultados más destacados llegó ante el Universitatea Cluj en la Liga Conferencia 2025/26. Después de empatar 0-0 en casa, el equipo armenio ganó 2-1 en la prórroga en Rumanía y avanzó a la tercera ronda de clasificación. Allí fue eliminado por el Sparta de Praga, con un marcador global de 6-2.
Una de las figuras importantes de los primeros éxitos del club fue el entrenador Vardan Minasyan, que dirigió al equipo durante la temporada 2019/20. Ararat-Armenia también ha contado con futbolistas procedentes de diferentes ligas europeas, lo que ha contribuido a darle un carácter internacional. El club disputa sus partidos como local en Ereván y ha utilizado el Estadio Republicano Vazgen Sargsyan, uno de los principales recintos futbolísticos de Armenia.
La historia de Ararat-Armenia es, ante todo, la de un desarrollo extraordinariamente rápido. Desde su fundación en 2017, pasando por un cambio de nombre y el ascenso a la máxima categoría, el club necesitó solamente dos temporadas para conquistar dos campeonatos de Armenia. Aunque su trayectoria nacional es mucho más corta que la de los grandes clubes históricos del país, su presencia habitual en las eliminatorias europeas ha convertido rápidamente al Ararat-Armenia en uno de los equipos reconocibles del fútbol armenio contemporáneo.