FC Ballkani należy do klubów, które w ciągu kilku lat przeszły drogę od zespołu z lokalnymi tradycjami do jednego z najbardziej utytułowanych przedstawicieli współczesnego futbolu w Kosowie. Klub został założony w 1947 roku w Suharece, początkowo funkcjonując pod nazwą Rinia. Do 1952 roku rozgrywał przede wszystkim mecze towarzyskie, a następnie rozpoczął udział w oficjalnych rozgrywkach mistrzostw Kosowa. Nazwa Ballkani została przyjęta w 1965 roku, gdy klub przejęła miejscowa fabryka przemysłu chemicznego i gumowego „Ballkan”.
Charakterystycznym elementem tożsamości klubu są pomarańczowo-czarne barwy. Według klubowej historii zostały one przyjęte w 1974 roku, a wybór pomarańczowego koloru wiązano z inspiracją reprezentacją Holandii z czasów, gdy drużyna Johana Cruyffa była symbolem futbolu totalnego. Wcześniej Ballkani występowało przede wszystkim w białych strojach. Pomarańczowy kolor stał się z czasem jednym z najbardziej rozpoznawalnych elementów identyfikacji zespołu, a klubowi kibice są znani jako Xhebrailat.
Przez większą część swojej historii Ballkani rywalizowało w rozgrywkach regionalnych i krajowych, a po wojnie w Kosowie klub przechodził również okresy sportowej odbudowy. W 2010 roku powrócił do Superligi, choć później ponownie spadł do niższej klasy. Przełom nastąpił po powrocie do najwyższej ligi w sezonie 2017/18. Rozwój organizacyjny i inwestycje w drużynę sprawiły, że klub z Suhareki w krótkim czasie stał się kandydatem do najważniejszych krajowych trofeów.
Największy przełom nastąpił w 2022 roku, gdy Ballkani po raz pierwszy zdobyło mistrzostwo Kosowa. Zespół zakończył sezon z 76 punktami, odnosząc 23 zwycięstwa w 36 meczach. Sukces zapoczątkował wyjątkowy okres w historii klubu. Ballkani obroniło tytuł w sezonie 2022/23, a w sezonie 2023/24 zdobyło mistrzostwo po raz trzeci z rzędu. Tym samym wyrównało osiągnięcie Besy Peja, która wcześniej jako jedyna zdobywała trzy kolejne mistrzostwa Kosowa w latach 2005–2007. Trenerem zespołu podczas tej serii był Ilir Daja.
Sezon 2023/24 przyniósł także pierwszy w historii klubu Puchar Kosowa. W finale rozegranym 22 maja 2024 roku Ballkani zmierzyło się z FC Prishtina. Spotkanie zakończyło się remisem 2:2 po regulaminowym czasie gry i dogrywce, a w serii rzutów karnych zespół z Suhareki zwyciężył 4:2. Wcześniej, w tym samym miesiącu, Ballkani zapewniło sobie trzecie z rzędu mistrzostwo kraju. Klub zakończył więc sezon z pierwszym w swojej historii krajowym dubletem.
Jeszcze większe znaczenie dla historii Ballkani miały występy w Europie. Klub zadebiutował w europejskich rozgrywkach w lipcu 2022 roku, rozpoczynając od pierwszej rundy kwalifikacji Ligi Mistrzów przeciwko Žalgirisowi Wilno. Po odpadnięciu z tych rozgrywek trafił do kwalifikacji Ligi Konferencji Europy. Ballkani wyeliminowało kolejno La Fioritę, KÍ Klaksvík i Shkupi, dzięki czemu zostało pierwszym klubem z Kosowa, który awansował do fazy grupowej rozgrywek UEFA. W dwumeczu z La Fioritą szczególnie efektowne było zwycięstwo 6:0 u siebie, poprzedzone wygraną 4:0 na wyjeździe.
W fazie grupowej Ligi Konferencji Europy w sezonie 2022/23 Ballkani rywalizowało ze Slavią Praga, CFR Cluj i Sivasspor. Zespół zdobył cztery punkty i odniósł zwycięstwo nad Sivasspor w Turcji, a udział w fazie grupowej miał znaczenie wykraczające poza sam wynik sportowy. Ballkani stało się pierwszym kosowskim klubem, który dotarł tak daleko w rozgrywkach UEFA. Rok później drużyna ponownie awansowała do fazy grupowej Ligi Konferencji Europy, tym razem rywalizując między innymi z Dinamo Zagrzeb i Viktorią Pilzno. UEFA odnotowuje łącznie 24 mecze Ballkani w fazie grupowej tego turnieju w sezonach 2022/23 i 2023/24.
Domowym stadionem klubu jest Stadiumi i Qytetit w Suharece. Obiekt nie spełniał jednak wymogów UEFA dotyczących rozgrywania spotkań europejskich, dlatego podczas historycznej kampanii w 2022 roku Ballkani korzystało ze Stadionu im. Fadila Vokrriego w Prisztinie. Zespół z Suhareki zachował przy tym silny lokalny charakter, a jego rozwój stał się jednym z najbardziej wyrazistych przykładów wzrostu znaczenia klubów spoza tradycyjnych centrów kosowskiego futbolu.
Współczesna historia FC Ballkani jest więc przede wszystkim historią szybkiego awansu sportowego. Trzy mistrzostwa Kosowa zdobyte w latach 2022–2024, pierwszy Puchar Kosowa w 2024 roku oraz dwukrotny awans do fazy grupowej Ligi Konferencji Europy uczyniły klub jednym z najważniejszych zespołów młodego kosowskiego futbolu. Ballkani pozostaje przykładem klubu, który swoją pozycję w krajowej piłce zbudował stosunkowo niedawno, ale już zapisał się w historii jako pierwszy kosowski uczestnik fazy grupowej europejskich rozgrywek UEFA.