FC Ararat-Armenia to jeden z najmłodszych klubów, które w krótkim czasie zdołały zdobyć znaczącą pozycję w armeńskim futbolu. Jego historia rozpoczęła się w 2017 roku, gdy w Erywaniu powstała drużyna FC Avan Academy, utworzona między innymi na bazie młodych zawodników związanych z akademią piłkarską w stolicy oraz FC Pyunik. W 2018 roku klub przejął przedsiębiorca Samvel Karapetyan, a po awansie do najwyższej ligi przyjął obecną nazwę Ararat-Armenia.
Już debiutancki sezon w armeńskiej ekstraklasie przyniósł ogromny sukces. W rozgrywkach 2018/19 Ararat-Armenia zdobył mistrzostwo kraju, zaledwie rok po awansie. Drużyna nie poprzestała na jednym tytule — w sezonie 2019/20 ponownie zakończyła rozgrywki na pierwszym miejscu. Tym samym w ciągu dwóch pierwszych sezonów w najwyższej klasie rozgrywkowej klub wywalczył dwa mistrzostwa Armenii.
Szczególnie udany był również występ w Pucharze Armenii w sezonie 2019/20. Ararat-Armenia po raz pierwszy dotarł do finału tych rozgrywek, w którym zmierzył się z Noah. Spotkanie rozegrane 10 lipca 2020 roku zakończyło się niezwykłym wynikiem 5:5 po dogrywce, a o trofeum zdecydowały rzuty karne. Noah wygrał serię 7:6. Ararat-Armenia nie ma więc w dorobku Pucharu Armenii, choć finał pozostaje jednym z najbardziej pamiętnych meczów w krótkiej historii klubu.
Rozwój Ararat-Armenia szybko znalazł odzwierciedlenie w europejskich pucharach. Klub zadebiutował w kwalifikacjach Ligi Mistrzów w 2019 roku, a w tym samym sezonie zaliczył udaną kampanię w Lidze Europy. Po odpadnięciu z kwalifikacji Ligi Mistrzów z AIK Ararat-Armenia trafił do Ligi Europy, gdzie wyeliminował Lincoln Red Imps z Gibraltaru, wygrywając oba mecze i cały dwumecz 4:1. Następnie zespół dotarł do rundy play-off, w której przegrał z Dudelange. Był to jeden z najważniejszych europejskich występów w historii armeńskiego klubu.
W kolejnych latach Ararat-Armenia regularnie pojawiał się w eliminacjach europejskich rozgrywek. Szczególnym sukcesem był dwumecz z Universitatea Cluj w Lidze Konferencji Europy 2025/26. Po bezbramkowym remisie u siebie drużyna wygrała w Rumunii 2:1 po dogrywce, awansując do trzeciej rundy kwalifikacyjnej. Tam przegrała jednak z AC Sparta Praga łącznie 2:6.
Jedną z ważnych postaci pierwszych sukcesów klubu był trener Wardan Minasyan, który prowadził zespół w mistrzowskim sezonie 2019/20. Ararat-Armenia korzystał także z zawodników mających doświadczenie w różnych europejskich ligach, budując drużynę o międzynarodowym charakterze. Domowe mecze klub rozgrywa w Erywaniu, korzystając między innymi ze stadionu Wazgena Sarkisjana, jednego z najważniejszych obiektów piłkarskich Armenii.
Historia Ararat-Armenia jest przykładem wyjątkowo szybkiego rozwoju. Od powstania w 2017 roku, przez zmianę nazwy i awans do ekstraklasy, klub potrzebował zaledwie dwóch sezonów, aby dwukrotnie zdobyć mistrzostwo Armenii. Choć jego dorobek krajowy jest znacznie krótszy niż w przypadku tradycyjnych armeńskich potęg, regularna obecność w europejskich kwalifikacjach sprawiła, że Ararat-Armenia szybko stał się jednym z rozpoznawalnych klubów współczesnej piłki w tym kraju.