Paris FC powstał 1 sierpnia 1969 roku, gdy Francuska Federacja Piłki Nożnej postanowiła zbudować duży klub zdolny reprezentować stolicę w najwyższej lidze, po tym jak Paryż przez kilka sezonów nie miał żadnego zespołu na tym poziomie. Zaledwie rok później młody klub połączył się ze Stade Saint-Germain, tworząc Paris Saint-Germain; unia okazała się jednak krótkotrwała i w czerwcu 1972 roku obie strony rozstały się po sporze z paryską radą miejską o tożsamość nowego klubu. Na mocy warunków podziału to Paris FC, a nie PSG, zachował status profesjonalnego klubu pierwszej ligi oraz stadion Parc des Princes, podczas gdy nowo usamodzielnione PSG zostało administracyjnie zdegradowane do trzeciej ligi i musiało budować się od nowa.
Ta przewaga nie utrzymała się długo. Podczas gdy PSG wyrosło na dominującą siłę francuskiej i paryskiej piłki, Paris FC przez kolejne pięć dekad szukał stabilizacji, kilkukrotnie zmieniając nazwę - na krótko funkcjonował jako „Paris 1”, a po współpracy z historycznym Racing Club de France jako „Racing Paris 1” - kursując między drugą a trzecią ligą. Od 1999 roku klub rozgrywał mecze na przystosowanym głównie do lekkoatletyki Stade Charléty na południu miasta, nigdy nie czując się tam do końca jak u siebie.
Obraz klubu zmienił się gwałtownie pod koniec 2024 roku, gdy większościowy pakiet udziałów w Paris FC przejęła Agache, spółka holdingowa rodziny Arnault, stojącej za koncernem dóbr luksusowych LVMH, wraz z mniejszościową inwestycją Red Bulla. Wsparty przez nowych właścicieli Paris FC w 2025 roku awansował do Ligue 1 po raz pierwszy od lat 70. XX wieku, a w tym samym roku klub uzgodnił przeprowadzkę na Stade Jean-Bouin, dzielony z klubem rugby Stade Français, położony tuż naprzeciwko Parc des Princes, domowego stadionu PSG - co otworzyło perspektywę prawdziwych paryskich derbów po raz pierwszy w historii klubu.
Nazywany Les Bleus za sprawą granatowych koszulek noszonych od początku lat 2000., z herbem zbudowanym wokół wizerunku wieży Eiffla, Paris FC po ponad pół wieku w cieniu PSG próbuje dziś ustanowić w stolicy Francji drugi liczący się klub.