Europa FC należy do historycznych klubów gibraltarskiego futbolu, a Gibraltar Football Association podaje 1925 rok jako datę jego założenia. Historia zespołu obejmuje różne epoki – od początków zorganizowanej piłki nożnej na Gibraltarze po okres, w którym Europa stała się regularnym reprezentantem tego terytorium w rozgrywkach UEFA. Klub tradycyjnie występuje w zielono-czarnych barwach, które są ważnym elementem jego tożsamości.
Europa należała do czołowych zespołów gibraltarskiej piłki już w pierwszej połowie XX wieku. Pierwsze mistrzostwo kraju klub zdobył w 1929 roku, a następne w 1930, 1932, 1933, 1938, 1952 i 2017 roku. Łącznie daje to siedem mistrzostw Gibraltaru. Szczególnie charakterystyczna dla historii klubu jest bardzo długa przerwa między triumfami z 1952 i 2017 roku. Po ponad sześciu dekadach bez mistrzostwa Europa ponownie sięgnęła po tytuł w sezonie 2016/17, przerywając serię 14 kolejnych mistrzostw zdobywanych przez Lincoln Red Imps. UEFA określała ten sukces jako pierwsze mistrzostwo Europy od ponad 65 lat.
Ważne miejsce w historii klubu zajmuje również Rock Cup. Pierwszy odnotowany triumf Europy w tych rozgrywkach miał miejsce w 1938 roku, a kolejne przyszły w 1946, 1950, 1951 i 1952 roku. Współczesna era przyniosła następne zwycięstwa w 2017, 2018 i 2019 roku. Finał z 2017 roku miał szczególne znaczenie – Europa pokonała Lincoln Red Imps 3:0, kompletując krajowy dublet po wcześniejszym zdobyciu mistrzostwa. Był to początek okresu, w którym klub ponownie regularnie rywalizował o najważniejsze trofea na Gibraltarze.
Rozwój Europy zbiegł się z włączeniem Gibraltaru do struktur UEFA, co otworzyło przed klubem nowy rozdział. W 2014 roku Europa została pierwszym klubem z Gibraltaru, który wystąpił w Lidze Europy UEFA. Debiut przypadł na dwumecz z FC Vaduz z Liechtensteinu, zakończony porażką 0:4 w dwumeczu. Rok później Europa zmierzyła się ze Slovanem Bratysława. Pierwsze zwycięstwo w europejskich pucharach klub odniósł w Lidze Europy 2016/17, pokonując u siebie armeński Piunik 2:0. Europa przegrała rewanż 1:2, ale awansowała dzięki bramce zdobytej na wyjeździe. W drugiej rundzie kwalifikacyjnej rywalem był szwedzki AIK.
Klub występował w rozgrywkach UEFA również w kolejnych latach. W 2018/19 Europa dotarła do rundy wstępnej Ligi Europy, gdzie trafiła na FC Prisztina. Pierwsze spotkanie na Gibraltarze zakończyło się remisem 1:1, ale w rewanżu Prisztina zwyciężyła 5:0. Europa wystąpiła również w pierwszej edycji UEFA Europa Conference League w 2021 roku, korzystając z nowych możliwości rywalizacji międzynarodowej stworzonych przez rozszerzenie europejskich rozgrywek klubowych.
Europejska historia Europy jest ściśle związana z rozwojem futbolu na Gibraltarze. Klub należał do przedstawicieli tego terytorium w rozgrywkach UEFA w okresie, gdy gibraltarskie zespoły zaczęły regularniej zdobywać doświadczenie na arenie międzynarodowej. Mecze z klubami z Liechtensteinu, Słowacji, Armenii, Szwecji i Kosowa sprawiły, że Europa stała się jednym z najbardziej doświadczonych gibraltarskich uczestników europejskich pucharów.
Przez wiele dekad Victoria Stadium był jednym z najważniejszych obiektów piłkarskich Gibraltaru i gościł również spotkania Europy w rozgrywkach krajowych oraz międzynarodowych. Klub jest także związany z Europa Point Stadium, kolejnym ważnym stadionem na Gibraltarze. To jednak nie obiekty najlepiej definiują tożsamość zespołu. O jego znaczeniu decydują przede wszystkim długa historia, zielono-czarne barwy oraz siedem mistrzostw kraju.
Znaczenie Europa FC najlepiej pokazuje kontrast między długą tradycją klubu a wyjątkowo długim oczekiwaniem na kolejne mistrzostwo. Tytuł zdobyty w 2017 roku zakończył 65-letnią przerwę i rozpoczął okres, w którym Europa ponownie regularnie walczyła o najważniejsze trofea oraz reprezentowała Gibraltar w europejskich pucharach. W połączeniu z dorobkiem w Rock Cup i pionierską rolą w rozgrywkach UEFA daje to Europie jedno z najbardziej charakterystycznych miejsc w historii futbolu Gibraltaru.