KF Dukagjini z Kliny należy do klubów związanych z początkami zorganizowanego futbolu w zachodniej części Kosowa. Został założony w 1958 roku i przez znaczną część swojej historii rywalizował w rozgrywkach prowincjonalnych, jeszcze w ramach jugosłowiańskiego systemu ligowego. Klub nosi nazwę nawiązującą do Lekë Dukagjiniego, średniowiecznego albańskiego możnowładcy, którego nazwisko jest silnie związane z historią regionu.
Najważniejszy sukces Dukagjini osiągnęło w sezonie 1993/94, kiedy zdobyło mistrzostwo Kosowa w rozgrywkach organizowanych poza oficjalnym systemem jugosłowiańskim. W finale zespół z Klina pokonał Flamurtari Prisztina 1:0. Rok później klub zdobył również Superpuchar Kosowa, zwyciężając Prishtinę po rzutach karnych. Te osiągnięcia należą do najważniejszych wydarzeń w przedwojennej historii klubu i są częścią jego tradycji również po utworzeniu niezależnych rozgrywek piłkarskich Kosowa.
Po wojnie w Kosowie klub musiał odbudowywać swoją pozycję w krajowym futbolu. W XXI wieku stopniowo wrócił do najwyższej klasy rozgrywkowej. W sezonie 2020/21 Dukagjini dotarło do finału Pucharu Kosowa, gdzie po rzutach karnych przegrało z Llapim. Sam awans do finału był jednym z najlepszych wyników klubu w krajowych rozgrywkach w tym okresie.
Przełomowym momentem najnowszej historii był rok 2023, kiedy KF Dukagjini po raz pierwszy wystąpiło w europejskich pucharach. Debiut nastąpił w pierwszej rundzie kwalifikacyjnej Ligi Konferencji UEFA przeciwko Europa FC z Gibraltaru. W pierwszym meczu, rozegranym w Prisztinie, Dukagjini wygrało 2:1, a w rewanżu zwyciężyło 3:2. Dwumecz zakończył się wynikiem 5:3 dla kosowskiego zespołu, który awansował do drugiej rundy kwalifikacyjnej.
W kolejnej rundzie przeciwnikiem była HNK Rijeka. Chorwacki klub wygrał pierwszy mecz w Prisztinie 1:0, a w rewanżu na stadionie Rujevica zwyciężył 6:1. Dla Dukagjini był to jednak historyczny europejski debiut i pierwsza w dziejach klubu wygrana dwumeczowa w rozgrywkach UEFA. Sam awans nad zespołem z Gibraltaru pozostaje jednym z najważniejszych międzynarodowych osiągnięć klubu.
Ważną częścią tożsamości Dukagjini jest jego lokalny charakter. Klina jest niewielkim miastem w zachodnim Kosowie, a klub przez dziesięciolecia pozostawał związany z miejscową społecznością. Zespół występuje na Stadionie 18 Qershori, który jest jego tradycyjnym obiektem domowym. W europejskim debiucie stadion nie spełniał jednak wymogów organizacyjnych UEFA, dlatego pierwsze mecze pucharowe Dukagjini rozgrywało na Stadionie Fadil Vokrri w Prisztinie.
Obecność KF Dukagjini w najwyższej klasie rozgrywkowej oraz debiut w europejskich pucharach są kolejnymi etapami historii klubu, która rozpoczęła się w 1958 roku. Zespół z Klina nie należy do najbardziej utytułowanych klubów Kosowa, ale jego mistrzostwo z 1994 roku, krajowy Superpuchar oraz historyczny awans do drugiej rundy kwalifikacyjnej Ligi Konferencji pokazują znaczenie, jakie odegrał w rozwoju futbolu w zachodniej części kraju.