Podbeskidzie Bielsko-Biała formalnie istnieje dopiero od 1997 roku, lecz jego piłkarski rodowód sięga aż do czasów Monarchii Austro-Węgierskiej – klub jest spadkobiercą tradycji założonego w 1907 roku Bielitzer Fussball Klub, pierwszego zespołu piłkarskiego w Bielsku. Towarzystwo Sportowe Podbeskidzie powstało 11 lipca 1997 roku w wyniku fuzji sekcji piłkarskiej BBTS Włókniarz Bielsko-Biała z Dzielnicowym Klubem Sportowym Inter Komorowice, sam DKS będąc owocem wcześniejszego połączenia Interu Bielsko-Biała i DKS-u Komorowice. Nowo powstały klub, występujący początkowo pod nazwą BBTS Ceramed Komorowice, wchłonął w ten sposób tradycje kilku bielskich zespołów – oprócz Bielitzer Fussball Klub także powstałych po wojnie Budowlanych Bielsko z 1949 roku i Włókniarza – a najstarszy z jego protoplastów już w 1925 roku wziął udział w pierwszej w historii edycji Pucharu Polski, docierając w okręgu krakowskim do półfinału, gdzie uległ późniejszemu triumfatorowi rozgrywek, Wiśle Kraków.
Od chwili powstania w 1997 roku nowy klub notował błyskawiczny rozwój sportowy, w ciągu pięciu lat awansując aż o trzy klasy rozgrywkowe – z ligi okręgowej przez czwartą i trzecią, aż do drugiej ligi, gdzie w 2002 roku przyjął obecną nazwę Podbeskidzie, podkreślającą regionalny charakter klubu i jego więź z góralską tożsamością Beskidów. Rozwój ten przerwała ogólnopolska afera korupcyjna, w wyniku której w sezonie 2007/08 Podbeskidzie ukarano odjęciem sześciu punktów i grzywną 50 tysięcy złotych za wcześniejsze ustawienie sześciu meczów – kara, która według części komentatorów przesądziła wówczas o utracie szansy na awans do ekstraklasy. Mimo tego epizodu klub nie zszedł z kursu na najwyższy poziom rozgrywkowy i po reformie systemu lig w 2008 roku systematycznie budował silny zespół na zapleczu elity.
Historyczny moment nadszedł w sezonie 2010/2011, gdy Podbeskidzie – jako pierwsza w historii drużyna z Bielska-Białej – wywalczyło awans do Ekstraklasy, wypełniając po brzegi Stadion Miejski i ściągając do miasta rywali pokroju Legii Warszawa, Lecha Poznań czy Wisły Kraków. W najwyższej lidze klub, nazywany przez kibiców Góralami, występował w latach 2011–2016 oraz ponownie w sezonie 2020/2021, notując po drodze najwyższe w swojej historii zwycięstwo 4:0 nad Jagiellonią Białystok w lutym 2013 roku. Choć od sezonu 2024/2025 Podbeskidzie gra w II lidze, klub pozostaje jednym z symboli piłkarskiego regionu Podbeskidzia, łączącym w sobie ponad wiek lokalnych tradycji futbolowych spod Beskidów.