CS Universitatea Craiova jest jedynym rumuńskim klubem, który w europejskich pucharach wyeliminował drużyny z każdej z pięciu czołowych lig kontynentu – Anglii, Francji, Niemiec, Włoch i Hiszpanii. Ten unikalny w skali kraju bilans zbudowała drużyna znana jako Craiova Maxima, złota generacja przełomu lat 70. i 80., z takimi zawodnikami jak Ilie Balaci, Rodion Cămătaru czy bramkarz Silviu Lung. W sezonie 1982/83 Universitatea, eliminując po drodze Fiorentinę, Bordeaux i Kaiserslautern, jako pierwszy rumuński klub dotarła do półfinału europejskiego pucharu – w Pucharze UEFA uległa tam dopiero broniącej się Benfice, po dwóch remisach (0:0 w Lizbonie i 1:1 w Krajowej) i regule goli na wyjeździe. Rok wcześniej klub doszedł też do ćwierćfinału Pucharu Europy, odpadając z Bayernem Monachium.
Klub powstał 5 września 1948 roku z inicjatywy grupy profesorów i studentów Uniwersytetu w Krajowej, przyjmując biało-niebieskie barwy zachowane do dziś. Do 1991 roku, grając pod nazwą Universitatea Craiova jako sekcja piłkarska wielosekcyjnego klubu miejskiego, zdobyła cztery mistrzostwa Rumunii (1974, 1980, 1981, 1991) i pięć Pucharów Rumunii.
Po upadku komunizmu sekcja piłkarska odłączyła się od klubu publicznego i została sprywatyzowana. Po latach zmian właścicielskich trafiła w ręce biznesmena Adriana Mititelu i funkcjonowała jako FC Universitatea Craiova, jednak wskutek konfliktów z federacją i problemów finansowych w 2011 roku została wykluczona ze struktur ligowych, a rok później ostatecznie rozwiązana.
W 2013 roku doszło do podwójnej reaktywacji tradycji klubowej. Władze miasta, we współpracy z pierwotnym publicznym klubem sportowym, odtworzyły sekcję piłkarską jako CS Universitatea Craiova. Równolegle Adrian Mititelu założył nowy podmiot – FC U Craiova 1948 – twierdząc, że to on kontynuuje historię klubu. Doprowadziło to do wieloletniej batalii sądowej o prawa do nazwy, herbu i historycznego dorobku. Kolejne wyroki rumuńskich sądów oraz decyzje Ligi Profesionistă de Fotbal przyznały prawa do historycznego herbu z lwem oraz całego dorobku z lat 1948–1991 klubowi wspieranemu przez miasto, podczas gdy FC U Craiova 1948 uznano za nowy podmiot prawny bez tych praw – spór ten do dziś dzieli lokalnych kibiców na dwa obozy.
Od czasu reaktywacja Universitatea Krajowa gra na stadionie Ion Oblemenco, nazwanym na cześć trenera i legendy klubu zmarłego w 1996 roku; obiekt przebudowano i otwarto ponownie w 2017 roku. Pierwsze trofeum po wznowieniu działalności klub zdobył w 2018 roku, wygrywając Puchar Rumunii, a w 2021 roku sięgnął po Superpuchar kraju.