Connah's Quay Nomads FC to klub, którego współczesna tożsamość została zbudowana na niezwykłej przemianie z regionalnego zespołu w jedną z czołowych drużyn walijskiego futbolu. Obecny klub powstał w lipcu 1946 roku jako Connah's Quay Juniors, z inicjatywy Tommy'ego Jonesa, byłego środkowego obrońcy reprezentacji Walii i Evertonu, a zarazem mieszkańca Connah's Quay. Zespół szybko zaznaczył swoją obecność w futbolu młodzieżowym, zdobywając Welsh Youth Cup w 1948 roku. Następnie utworzono drużynę seniorską, a przed sezonem 1952/53 klub przyjął nazwę Connah's Quay Nomads.
Pierwsze lata przyniosły również sukcesy na poziomie regionalnym i amatorskim. W 1953 roku Nomads zdobyli Welsh Amateur Cup, pokonując w finale Caersws Amateurs 3:2. Przez kolejne dekady klub występował przede wszystkim w rozgrywkach regionalnych. Szczególnie udany był początek lat 80., gdy Connah's Quay trzy razy z rzędu zdobyło mistrzostwo Clwyd League. Rozwój krajowej struktury ligowej otworzył przed zespołem nowe możliwości. W 1990 roku Nomads zostali członkiem założycielem Cymru Alliance, a dwa lata później wystąpili w inauguracyjnym sezonie League of Wales, poprzedniczki obecnej Cymru Premier.
Jednym z pierwszych ważnych sukcesów na poziomie ogólnokrajowym było zwycięstwo w Welsh League Cup w sezonie 1995/96. W finale Connah's Quay Nomads pokonali Ebbw Vale 1:0. Klub dotarł także do finału Welsh Cup w 1998 roku, ale po remisie 1:1 przegrał z Bangor City w serii rzutów karnych. Umacnianie pozycji w najwyższej klasie rozgrywkowej było procesem stopniowym, a prawdziwy przełom nastąpił dopiero w drugiej dekadzie XXI wieku.
Jedną z najważniejszych postaci tego okresu był Andy Morrison, który objął stanowisko menedżera w 2015 roku. Pod jego kierownictwem Connah's Quay wygrało baraż o udział w europejskich pucharach w 2016 roku i rozpoczęło regularną rywalizację na arenie międzynarodowej. Debiutancka kampania europejska przyniosła od razu historyczny sukces. W kwalifikacjach Ligi Europy 2016/17 Nomads wyeliminowali norweski Stabæk, wygrywając dwumecz 1:0 po bezbramkowym pierwszym spotkaniu. Była to pierwsza wygrana rywalizacja w europejskich pucharach w historii klubu. Trzy lata później Walijczycy odnieśli jeszcze bardziej pamiętne zwycięstwo, pokonując na wyjeździe szkocki Kilmarnock 2:0 w kwalifikacjach Ligi Europy.
Najlepszy okres w krajowej historii klubu przypadł na koniec drugiej dekady XXI wieku. W sezonie 2019/20 Connah's Quay Nomads po raz pierwszy zdobyli mistrzostwo Walii. Rozgrywki zostały przerwane z powodu pandemii COVID-19, ale Nomads otrzymali tytuł na podstawie ustalonej końcowej klasyfikacji. W tym samym sezonie zespół zdobył również Welsh League Cup, wygrywając finał ze STM Sports 3:0. Rok później Connah's Quay obroniło mistrzostwo i po raz drugi z rzędu zostało najlepszą drużyną Cymru Premier. Tytuł został przypieczętowany zwycięstwem 2:0 nad Penybont w ostatniej kolejce sezonu 2020/21.
W 2024 roku klub sięgnął po kolejny ważny krajowy puchar. W finale Welsh Cup Nomads pokonali po dogrywce The New Saints 2:1, zdobywając trofeum po raz drugi, po wcześniejszym triumfie w 2018 roku. Najważniejsze sukcesy klubu obejmują zatem dwa mistrzostwa Walii, dwa Puchary Walii oraz trzy Puchary Ligi Walijskiej. Do tego dochodzą liczne trofea regionalne, zdobywane na wcześniejszych etapach historii zespołu.
Europejskie występy stały się jednym z najbardziej charakterystycznych elementów współczesnej historii Connah's Quay Nomads. Klub rywalizował w kwalifikacjach Ligi Mistrzów, Ligi Europy i Ligi Konferencji, a w 2020 i 2021 roku występował również w kwalifikacjach Ligi Mistrzów. Z zespołem szczególnie mocno związani byli długoletni kapitan George Horan oraz napastnik Michael Wilde, natomiast Andy Morrison pozostaje jedną z najważniejszych postaci okresu największych sukcesów.
Domowym stadionem klubu jest Essity Stadium w Flint, na którym Nomads rozgrywają mecze krajowe. Wymogi UEFA sprawiały, że europejskie spotkania domowe musiały w niektórych sezonach odbywać się na innych obiektach. Połączenie silnej lokalnej tożsamości, dwóch mistrzostw Walii i regularnych występów w europejskich kwalifikacjach sprawiło, że Connah's Quay Nomads stało się jednym z najbardziej znaczących walijskich klubów XXI wieku.