«Эвертон» был основан в 1878 году как футбольная команда при церкви Сент-Доминго в Ливерпуле, а год спустя получил своё нынешнее название. В 1888 году клуб стал одним из основателей Футбольной лиги — старейшей профессиональной футбольной лиги в мире.
Особое место в истории клуба занимает Дикси Дин, нападающий, забивший в сезоне 1927/28 60 голов в чемпионате — рекорд, который до сих пор не побит в высшем дивизионе английского футбола. Это достижение остаётся одним из самых узнаваемых рекордов в истории английского футбола.
«Эвертон» девять раз становился чемпионом Англии — в 1891, 1915, 1928, 1932, 1939, 1963, 1970, 1985 и 1987 годах, — что делает его одним из самых титулованных клубов страны. Крупнейший европейский успех пришёл в 1985 году, когда «Эвертон» обыграл австрийский «Рапид» из Вены со счётом 3:1 в финале Кубка обладателей кубков, сыгранном в Роттердаме. Повторить этот успех в последующие годы клубу не удалось: после трагедии на стадионе «Эйзель» английские команды были на несколько лет отстранены от участия в европейских турнирах.
Более ста лет домашней ареной клуба был «Гудисон Парк» — один из первых в Англии стадионов, построенных специально для футбола, принимавший матчи чемпионата мира 1966 года. В 2025 году клуб переехал на новый стадион в районе Бромли-Мур Док, открыв новую главу своей истории. Цвета клуба — синий и белый.