Everton FC powstał w 1878 roku jako drużyna piłkarska przy kościele St Domingo w Liverpoolu, a rok później przyjął obecną nazwę. W 1888 roku klub znalazł się wśród założycieli Football League, najstarszej profesjonalnej ligi piłkarskiej na świecie.
Szczególne miejsce w historii klubu zajmuje Dixie Dean, napastnik, który w sezonie 1927/28 strzelił 60 bramek ligowych – rekord, który do dziś nie został pobity w najwyższej klasie rozgrywkowej Anglii. Jego osiągnięcie pozostaje jednym z najbardziej rozpoznawalnych rekordów w historii angielskiego futbolu.
Everton zdobywał mistrzostwo Anglii dziewięciokrotnie – w latach 1891, 1915, 1928, 1932, 1939, 1963, 1970, 1985 i 1987 – co czyni klub jednym z najbardziej utytułowanych w historii kraju. Największy sukces na arenie europejskiej przyniósł rok 1985, gdy Everton pokonał austriacki Rapid Wiedeń 3:1 w finale Pucharu Zdobywców Pucharów rozegranym w Rotterdamie. Triumfu tego klub nie mógł powtórzyć w kolejnych latach, ponieważ po tragedii na Heysel angielskie kluby zostały na kilka lat objęte zakazem startów w europejskich pucharach.
Przez ponad sto lat domem klubu był Goodison Park, jeden z pierwszych w Anglii stadionów zbudowanych specjalnie z myślą o piłce nożnej, który w 1966 roku gościł mecze mistrzostw świata. W 2025 roku The Toffees przenieśli się do nowego stadionu przy Bramley-Moore Dock, otwierając kolejny rozdział swojej historii. Barwami klubu pozostają niebieski i biały.