Atalanta BC to klub, którego historia zaczęła się od uczniowskiej inicjatywy: założyli go 17 października 1907 roku studenci bergamskiego liceum Paolo Sarpi. W 1920 roku Atalanta połączyła się z lokalnym rywalem, Bergamascą, przyjmując obecną nazwę oraz charakterystyczne czarno-niebieskie barwy, od których kibice nazywają drużynę „I Nerazzurri”. Przez dekady klub kursował między pierwszą a drugą ligą włoskiego futbolu, zdobywając po drodze rekordową liczbę awansów do Serie A.
Pierwszy poważny sukces przyszedł w 1963 roku, gdy Atalanta – z drużyną złożoną w dużej mierze z wychowanków własnej akademii – zdobyła Coppa Italia, pokonując w finale Torino 3:1. Na kolejny wielki triumf klub musiał czekać aż do XXI wieku. Prawdziwą rewolucję przyniosło zatrudnienie w czerwcu 2016 roku trenera Giana Piera Gasperiniego, który wprowadził intensywny, oparty na krycie każdy-swego system taktyczny, przekształcając skromny zespół ze środka tabeli w jedną z najbardziej fascynujących drużyn Europy. Ukoronowaniem tej przemiany było zdobycie Ligi Europy w sezonie 2023/24 – Atalanta pokonała w finale w Dublinie niepokonany od 51 meczów Bayer Leverkusen aż 3:0, dzięki hat-trickowi Ademoli Lookmana. Był to pierwszy poważny tytuł klubu od 1963 roku.
Złotą erę Atalanty współtworzyli tacy piłkarze jak Alejandro „Papu” Gómez, Josip Iličić czy Duván Zapata, a filarem defensywy przez lata pozostawał Rafael Tolói. Zespół regularnie sięgał też po miejsca w fazie pucharowej Ligi Mistrzów, docierając w 2020 roku aż do ćwierćfinału.
Swoje mecze domowe Atalanta rozgrywa od 1928 roku na zmodernizowanym Gewiss Stadium w Bergamo, mieszczącym około 24 tysięcy widzów. Fundamentem finansowej stabilności klubu pozostaje słynna akademia młodzieżowa w Zingonii, uznawana za jedną z najlepszych we Włoszech, która w ostatniej dekadzie wygenerowała setki milionów euro z transferów wychowanków, wspierana przez rozbudowaną i wysoce skuteczną sieć skautingu.