La historia del Atalanta BC comenzó como una iniciativa estudiantil: el club fue fundado el 17 de octubre de 1907 por alumnos del Liceo Classico Paolo Sarpi de Bérgamo. En 1920, el Atalanta se fusionó con su rival local, el Bergamasca, adoptando su nombre actual junto con los característicos colores negro y azul que dan al equipo su apodo, "I Nerazzurri". Durante décadas, el club osciló entre las dos máximas divisiones del fútbol italiano, estableciendo en el camino el récord de más ascensos a la Serie A.
El primer gran éxito llegó en 1963, cuando el Atalanta —con un equipo formado en buena parte por jugadores de su propia cantera— conquistó la Coppa Italia, venciendo al Torino por 3-1 en la final. El club tendría que esperar hasta el siglo XXI para su siguiente gran triunfo. Una auténtica revolución llegó con el nombramiento del entrenador Gian Piero Gasperini en junio de 2016, quien introdujo un intenso sistema táctico basado en el marcaje al hombre y transformó a un modesto equipo de mitad de tabla en uno de los conjuntos más fascinantes de Europa. Esa transformación se coronó con la conquista de la Liga Europa en la temporada 2023-24: el Atalanta derrotó por 3-0 en la final de Dublín a un Bayer Leverkusen invicto en 51 partidos, gracias a un hat-trick de Ademola Lookman. Fue el primer gran título del club desde 1963.
La época dorada del Atalanta estuvo marcada por jugadores como Alejandro "Papu" Gómez, Josip Iličić y Duván Zapata, mientras que Rafael Tolói fue durante años un pilar defensivo. El equipo también alcanzó regularmente las eliminatorias de la Liga de Campeones, llegando incluso a cuartos de final en 2020.
El Atalanta disputa sus partidos como local desde 1928 en el modernizado Gewiss Stadium de Bérgamo, con capacidad para unos 24.000 espectadores. El pilar de la estabilidad financiera del club sigue siendo su reconocida cantera de Zingonia, considerada una de las mejores de Italia, que en la última década ha generado cientos de millones de euros por traspasos de sus canteranos, respaldada por una amplia y muy eficaz red de ojeadores.