El FC Augsburgo fue fundado el 8 de agosto de 1907 bajo el nombre de Fußball-Klub Alemannia Augsburg. Durante la mayor parte de su historia, de más de un siglo, el club vivió a la sombra del fútbol alemán, cambiando de nombre en varias ocasiones y atravesando un periodo difícil a comienzos del siglo XXI, cuando los problemas financieros lo hicieron descender hasta la cuarta división. El club adoptó su forma actual en 1969, tras fusionarse con el otro gran equipo de la ciudad, el TSV Schwaben Augsburg, dando origen al FC Augsburgo.
El verdadero punto de inflexión en la historia del club llegó el 8 de mayo de 2011, cuando un gol de Stephan Hain en el minuto 85 ante el FSV Frankfurt aseguró el ascenso del Augsburgo a la Bundesliga por primera vez en su historia. Desde entonces, el club se ha mantenido de forma ininterrumpida en la máxima categoría, un logro en sí mismo teniendo en cuenta sus recursos económicos, considerablemente menores que los de los grandes clubes alemanes.
La temporada más recordada en la historia del club llegó en 2015-16, cuando el Augsburgo terminó quinto en la tabla de la Bundesliga, un resultado histórico que le permitió debutar por primera vez en competición europea. En la fase de grupos de la Europa League, el equipo logró una victoria decisiva en Belgrado que le dio el pase a los octavos de final, donde se midió al Liverpool FC y quedó eliminado por un solo gol en la eliminatoria (0-1 global).
Como el club de fútbol más grande de la región de Suabia, el Augsburgo representa a Baviera en el mapa futbolístico alemán junto al mucho más poderoso Bayern de Múnich, contra el que disputa el derbi bávaro. El equipo, apodado Fuggerstädter en honor a la célebre familia de banqueros augsburgueses, los Fugger, disputa sus partidos como local en el WWK Arena, su estadio desde 2009.