«Жирона», основанная 23 июля 1930 года в одноимённом каталонском городе, заполнила пустоту, образовавшуюся после исчезновения городского клуба Unió Deportiva Gerona, столкнувшегося с финансовыми трудностями. Новая команда была создана в кафе «Норат» на знаменитой Рамбле, а первым президентом стал Альберт де Кинтана де Леон. Путь клуба к испанской элите оказался исключительно долгим и неровным: несмотря на многообещающий старт в 1930-х годах, когда команда почти вышла во второй дивизион, последующие десятилетия принесли многочисленные вылеты, в том числе в третий и даже в четвёртый дивизион в начале 1980-х годов.
Перелом наступил лишь в 2017 году, когда спустя 87 лет существования клуб впервые в своей истории вышел в Ла Лигу, финишировав в сезоне вторым вслед за «Леванте». В том же году City Football Group, владеющая, среди прочего, «Манчестер Сити», приобрела 44,3% акций «Жироны», открыв путь к модернизации скаутской и тренерской структуры клуба. Последующие годы приносили чередующиеся вылеты и возвращения в высший дивизион, однако ни один из них не сравнился с тем, что произошло в сезоне 2023/24.
Тот сезон золотыми буквами вписан в историю «Жироны». Символическим моментом стала победа 4:2 над «Барселоной» в декабре 2023 года, которая вывела команду на первое место в таблице, а Артем Довбик впоследствии стал лучшим бомбардиром Ла Лиги с 24 голами, завоевав трофей Пичичи. В итоге клуб финишировал третьим с 81 очком, всего на четыре очка отстав от занявшей второе место «Барселоны», обеспечив себе историческую, первую за почти вековую историю клуба квалификацию в Лигу чемпионов УЕФА. Тот впечатляющий взлёт, ставший одной из самых удивительных историй европейского футбола последних лет, оказалось трудно удержать — уже спустя два года, в сезоне 2025/26, клуб вновь вылетел во второй испанский дивизион.
«Жирона», выступающая в характерных бело-красных цветах, заимствованных с герба города, проводит домашние матчи на стадионе «Эстади Монтильиви», который занимает непрерывно с 1970 года, когда он заменил прежний стадион «Виста Алегре», использовавшийся почти пять десятилетий.