Girona FC, założona 23 lipca 1930 roku w Gironie, wypełniła lukę po Unió Deportiva Gerona – wcześniejszym klubie miasta, który zniknął z powodu problemów finansowych. Nowy zespół powstał w kawiarni Café Norat przy słynnej Rambli, a pierwszym prezesem został Albert de Quintana de León. Droga klubu do hiszpańskiej elity okazała się wyjątkowo długa i wyboista: mimo obiecującego startu w latach trzydziestych, gdy drużyna niemal awansowała do drugiej ligi, kolejne dekady przyniosły liczne spadki, w tym do trzeciej, a nawet czwartej klasy rozgrywkowej na początku lat osiemdziesiątych.
Przełom nastąpił dopiero w 2017 roku, gdy po 87 latach istnienia klub po raz pierwszy w historii awansował do La Liga, kończąc sezon na drugim miejscu za Levante. Tego samego roku 44,3 procent udziałów w klubie nabyła grupa City Football Group, właściciel m.in. Manchesteru City, co otworzyło drogę do modernizacji struktur skautingowych i szkoleniowych. Kolejne lata przyniosły naprzemienne spadki i powroty do najwyższej klasy rozgrywkowej, jednak żaden z nich nie dorównał temu, co wydarzyło się w sezonie 2023/2024.
Tamten sezon zapisał się w historii Girony złotymi zgłoskami. Symbolicznym momentem było zwycięstwo 4:2 nad FC Barceloną w grudniu 2023 roku, dzięki któremu drużyna objęła prowadzenie w tabeli, a Artem Dowbyk został później najlepszym strzelcem La Liga z 24 trafieniami, zdobywając nagrodę Pichichi. Ostatecznie klub zakończył rozgrywki na trzecim miejscu z dorobkiem 81 punktów, zaledwie cztery punkty za drugą Barceloną, co oznaczało historyczną, pierwszą w blisko stuletniej historii klubu kwalifikację do Ligi Mistrzów UEFA. Ten spektakularny wzlot, będący jedną z najbardziej zaskakujących opowieści w europejskim futbolu ostatnich lat, okazał się jednak trudny do utrzymania – już dwa lata później, w sezonie 2025/2026, klub ponownie spadł do drugiej ligi hiszpańskiej.
Girona, występująca w charakterystycznych biało-czerwonych barwach nawiązujących do herbu miasta, rozgrywa mecze domowe na Estadi Montilivi, na którym gra nieprzerwanie od 1970 roku, zastępując wcześniejszy stadion Vista Alegre użytkowany przez blisko pięć dekad.