FC Andorra zajmuje absolutnie unikalną pozycję w międzynarodowym futbolu jako trójkolorowa reprezentacja księstwa, rywalizująca od momentu powstania w strukturach ligowych sąsiedniej Hiszpanii. Założony 15 października 1942 roku klub stał się pionierem piłki nożnej w Pirenejach. Granatowo-żółto-czerwone barwy, odzwierciedlające flagę państwową Andory, od zawsze niosły ze sobą tożsamość całego kraju, czyniąc zespół oficjalnym sportowym ambasadorem tego małego państwa w rozgrywkach organizowanych przez Królewski Hiszpański Związek Piłki Nożnej (RFEF).
Historycznym domem zespołu oraz miejscem najważniejszych spotkań ligowych i reprezentacyjnych jest Estadi Nacional w Andorra la Vella. Ten kameralny, malowniczo usytuowany pośród górskich szczytów obiekt przez dekady był świadkiem powolnego marszu klubu przez niższe poziomy rozgrywkowe w Katalonii i Hiszpanii. W historii FC Andorra zapisali się liczni reprezentanci kraju oraz cenieni szkoleniowcy, w tym legendarny napastnik Ildefons Lima, który przez lata łączył grę w barwach klubowych z występami w kadry narodowej, czy wybitni katalońscy zawodnicy wzmacniający kadrowo ten pirenejski zespół.
Największym sukcesem w dotychczasowej historii klubu na poziomie regionalnym było zdobycie prestiżowego Puchar Katalonii (Copa Catalunya) w 1994 roku. W półfinale rozgrywek FC Andorra wyeliminowała po rzutach karnychpotężny FC Barcelona pod wodzą Johana Cruyffa, a w finałowym starciu pokonała RCD Espanyol, przechodząc do historii katalońskiego futbolu jako jedyny zagraniczny triumfator tego turnieju. Krajową rozpoznawalność przyniósł klubowi również udany występ w Pucharze Króla (Copa del Rey) w sezonie 1995/1996, kiedy to Pirenejczycy dotarli do 1/16 finału.
Przełomowym momentem w nowoczesnej historii FC Andorra był grudzień 2018 roku, kiedy to spółka Kosmos Holding, należąca do utytułowanego obrońcy Gerarda Piqué, przejęła klub i spłaciła jego zadłużenie. Nowy model inwestycyjny i organizacyjny zaowocował błyskawicznym awansem w strukturach hiszpańskich – w 2022 roku pod wodzą trenera Edera Sarabii zespół po raz pierwszy w swojej historii wywalczył historyczny awans do Segunda División (Segunda División / LaLiga Hypermotion). Współcześnie FC Andorra funkcjonuje jako nowoczesny, profesjonalny projekt sportowy, będący dumą całego Księstwa Andory na hiszpańskiej scenie piłkarskiej.