Málaga CF to klub z malowniczego Wybrzeża Słonecznego (Costa del Sol) w Andaluzji, którego korzenie sięgają 1904 roku, gdy w mieście powstał pierwszy klub piłkarski – Málaga FC. Po upadku jego bezpośredniego następcy, CD Málaga, w 1992 roku, sztafetę przejęła drużyna rezerw – Club Atlético Malagueño, założona w 1948 roku – która 29 czerwca 1994 roku oficjalnie przyjęła nazwę Málaga Club de Fútbol, kontynuując tradycję piłkarską miasta.
Najważniejszym rozdziałem w historii klubu pozostaje sezon 2012/2013, gdy prowadzona przez chilijskiego trenera Manuela Pellegriniego drużyna zadebiutowała w Lidze Mistrzów i od razu zanotowała spektakularny wynik. Po zwycięstwie w fazie grupowej nad m.in. AC Milan, w 1/8 finału Málaga wyeliminowała portugalskie FC Porto, przegrywając pierwszy mecz 0:1, ale odrabiając straty zwycięstwem 2:0 na własnym stadionie. W ćwierćfinale andaluzyjski zespół zremisował bez bramek u siebie z Borussią Dortmund, jednak w rewanżu w Dortmundzie uległ 2:3, tracąc decydujące bramki w doliczonym czasie gry – co do dziś uznawane jest za jeden z najbardziej dramatycznych meczów w historii europejskich pucharów.
Sukces sportowy szedł jednak w parze z poważnymi problemami finansowymi klubu, powiązanego od 2010 roku z katarskim inwestorem Abdullahem Al Thani. Zaledwie kilka miesięcy po europejskiej przygodzie UEFA odmówiła klubowi udziału w Lidze Europy z powodu nieuregulowanych zobowiązań finansowych, co boleśnie skontrastowało z niedawnym sportowym triumfem.
Drużyna, znana pod przydomkiem Los Boquerones (Sardele) – nawiązującym do lokalnej tradycji rybackiej i popularnej andaluzyjskiej potrawy – rozgrywa swoje mecze domowe na stadionie La Rosaleda, jednym z symboli miasta od czasów jeszcze poprzedniego klubu, CD Málaga.