Energie Cottbus to klub z Łużyc, którego korzenie sięgają wschodnioniemieckiego SC Cottbus z 1963 roku, choć za oficjalną datę założenia w obecnej formie przyjmuje się 31 stycznia 1966 roku. Nazwa klubu nawiązuje do przemysłu energetycznego, który przez dekady stanowił gospodarczy fundament regionu Łużyc i miasta Cottbus. W czasach NRD zespół rzadko utrzymywał się w najwyższej klasie rozgrywkowej, a władze regularnie zmuszały go do oddawania najlepszych zawodników do berlińskiego BFC Dynamo.
Najbardziej niezwykły rozdział w historii klubu rozegrał się w sezonie 1996/1997, gdy występujący wówczas w trzeciej lidze Energie Cottbus dotarł aż do finału Pucharu Niemiec (DFB-Pokal). 14 czerwca 1997 roku na Stadionie Olimpijskim w Berlinie, przed ponad 76 tysiącami widzów, drużyna z Łużyc uległa VfB Stuttgart 0:2, jednak sam awans do finału z tak niskiego poziomu rozgrywek pozostaje jednym z najbardziej zaskakujących osiągnięć w historii tych rozgrywek.
Trzy lata później, w 2000 roku, Cottbus awansował do Bundesligi, stając się dopiero trzecim klubem z terenów byłej NRD, któremu udało się to po zjednoczeniu Niemiec. Najlepszy wynik ligowy klub osiągnął w sezonie 2006/2007, kończąc rozgrywki na 13. miejscu. Łącznie Energie spędziło siedemnaście sezonów wahając się między Bundesligą a 2. Bundesligą, zanim w 2014 roku definitywnie opuściło elitę niemieckiej piłki.
Drużyna rozgrywa swoje mecze domowe na Stadionie Przyjaźni (Stadion der Freundschaft) w Cottbus, obiekcie ściśle związanym z historią klubu od czasów NRD. Choć od lat Energie występuje na niższych szczeblach niemieckiej piłki, pozostaje jedną z najbardziej rozpoznawalnych marek futbolowych wschodnich Niemiec, a jej kibice wciąż wspominają finałowy mecz z 1997 roku jako moment, w którym mały klub z Łużyc na chwilę stanął w centrum uwagi całego niemieckiego futbolu.