Bayer 04 Leverkusen to klub, którego historia zaczęła się nie na boisku, lecz w fabryce. Powstał 1 lipca 1904 roku w Leverkusen jako stowarzyszenie gimnastyczne pracowników koncernu farmaceutycznego Bayer, co do dziś tłumaczy jego przydomek „Werkself” – „zakładowa jedenastka”. Sekcja piłkarska powstała w 1907 roku, a klub od początku istnienia utrzymuje ścisłe związki z firmą, która pozostaje jego właścicielem – to wyjątek od obowiązującej w niemieckiej piłce reguły „50+1”.
Od 1958 roku Bayer rozgrywa mecze domowe na stadionie znanym dziś jako BayArena, pierwotnie nazywanym Ulrich-Haberland-Stadion na cześć byłego prezesa Bayer AG. Po gruntownej przebudowie obiekt zmienił nazwę w 1998 roku, a jego obecna pojemność wynosi 30 210 miejsc.
Przez dekady klub uchodził za wiecznego pretendenta, co przyniosło mu ironiczny przydomek „Neverkusen” – po serii bolesnych porażek u progu sukcesu, w tym w finale Ligi Mistrzów w 2002 roku, gdy zespół z Michaelem Ballackiem i Lúcio w składzie uległ Realowi Madryt 1:2 po legendarnym woleju Zinédine’a Zidane’a. Wcześniej, w 1988 roku, Bayer sięgnął po swój pierwszy międzynarodowy tytuł, wygrywając Puchar UEFA.
Najwspanialszy rozdział w historii klubu napisano jednak w sezonie 2023/24, gdy prowadzony przez Xabiego Alonso zespół zdobył pierwsze w historii mistrzostwo Niemiec, kończąc rozgrywki Bundesligi bez żadnej porażki – jako pierwszy klub w historii tej ligi. Bayer zdobył wówczas również Puchar Niemiec, kompletując pierwszy w historii klubu dublet, a dodatkowo dotarł do finału Ligi Europy, w którym uległ Atalancie. Kluczową rolę w tym wyjątkowym sezonie odegrali Florian Wirtz, Victor Boniface, Granit Xhaka i Jeremie Frimpong, wpisując się obok wcześniejszych gwiazd klubu – takich jak Ballack, Lúcio, Zé Roberto, Bernd Schneider czy Rudi Völler – w poczet największych postaci w historii Werkself.
Filozofia Bayeru 04 Leverkusen opiera się na połączeniu zaawansowanego skautingu, konsekwentnego rozwoju młodzieży oraz ofensywnego stylu gry, co od lat pozwala klubowi rywalizować z czołowymi drużynami Europy, mimo znacznie skromniejszego budżetu niż największe kluby kontynentu.