1. FC Union Berlin został formalnie założony 20 stycznia 1966 roku, gdy Niemcy Wschodnie zreorganizowały swoje towarzystwa sportowe w dedykowane kluby piłkarskie, choć tradycja, z której klub czerpie, sięga 1906 roku i klubu FC Olympia Oberschöneweide, działającego w tej samej robotniczej dzielnicy Köpenick. Przez całą epokę NRD Union świadomie kontrastował z miejskim rywalem, BFC Dynamo, klubem patronowanym przez szefa Stasi Ericha Mielkego, który zdobył dziesięć mistrzostw Niemiec Wschodnich z rzędu w latach 1979-1988 wśród utrzymujących się oskarżeń o faworyzowanie przez sędziów. Union, zakorzeniony wśród fabryk i zakładów kablowych Köpenick, stał się znany jako klub zwykłych mieszkańców wschodniego Berlina - tożsamość ta przetrwała zjednoczenie Niemiec, mimo że drużyna przez większość kolejnych dekad występowała poza najwyższymi klasami rozgrywkowymi.
Ten oddolny charakter klubu zrodził dwa z najbardziej uderzających epizodów we współczesnej niemieckiej piłce. W 2004 roku, gdy klubowi groził upadek finansowy, kibice zorganizowali akcje oddawania krwi, przekazując otrzymywane za to wynagrodzenie na konto klubu, by pomóc mu przetrwać. Następnie, gdy w 2008 roku stadionowi groziło zamknięcie ze względów bezpieczeństwa, ponad 2300 wolontariuszy - w tym elektrycy, studenci i emeryci - przepracowało łącznie ponad 140 tysięcy godzin bez wynagrodzenia, odbudowując Stadion An der Alten Försterei od podstaw. Ten wysiłek upamiętnia do dziś pomnik z nazwiskami wszystkich wolontariuszy.
Sportowy przełom klub przeżył w 2019 roku, gdy po raz pierwszy w swojej historii awansował do Bundesligi. Sukces przyszedł szybko - czwarte miejsce w sezonie 2022/23 zapewniło kwalifikację do Ligi Mistrzów UEFA, w której Union zadebiutował w kolejnym sezonie, mierząc się między innymi z Realem Madryt i Napoli, stając się jednym z najmniejszych pod względem budżetu klubów, jakie kiedykolwiek wystąpiły w fazie grupowej tych rozgrywek.
Znany kibicom jako Die Eisernen (Żelaźni), Union zbudował także wyjątkową kulturę meczową wokół swojego stadionu, najpełniej widoczną podczas corocznego Weihnachtssingen - wieczoru kolęd, który zaczął się w 2003 roku od 89 kibiców, a od tamtej pory rozrósł się do zgromadzenia liczącego dziesiątki tysięcy osób. Mimo awansu do europejskich pucharów klub w dużej mierze zachował wspólnotowy charakter, który go wyróżnił, a Alte Försterei pozostaje, dosłownie i symbolicznie, stadionem zbudowanym przez własnych kibiców.