Panathinaikos AO, powołany do życia 3 lutego 1908 roku przez Jorgosa Kalafatisa jako Podosferikos Omilos Athinon, stanowi historyczny i tożsamościowy filar ateńskiego sportu. Zielono-biali barwy oraz charakterystyczną trójlistną koniczynę, symboliczną dla nadziei i młodości, przyjęli w pierwszych dekadach działalności. Ich historyczną i symboliczną siedzibą pozostaje otwarty w latach 20. XX wieku Stadion im. Apostolosa Nikolaidisa, zlokalizowany przy alei Aleksandras w dzielnicy Ambelokipi.
W wymiarze krajowym klub wywalczył 20 tytułów mistrza Grecji i 20 Pucharów Grecji, ustanawiając wysoki standard rywalizacji w Super League. Jednak to międzynarodowy profil organizacji w jednoznaczny sposób wyróżnia ten zespół w kontekście całego greckiego futbolu. Panathinaikos nieprzerwanie budował reputację drużyny zdolnej do przełamywania europejskich barier w rozgrywkach pod patronatem UEFA.
Najważniejszym punktem odniesienia w historii klubu pozostaje Sezon 1970/1971 w Pucharze Europy Mistrzów Krajowych. Zespół prowadzony przez legendarnemu węgierskiemu szkoleniowcowi Ferencowi Puskásowi oraz z kluczową rolą pomocnika Mimisa Domazosa – rekordzisty pod względem występów (504 mecze) – pokonał kolejne rundy i jako jedyny klub z Grecji dotarł do wielkiego finału na stadionie Wembley. Choć uległ wówczas znakomitemu Ajaksowi Amsterdam (0:2), osiągnięcie to zachowało status unikalnego sukcesu w skali całego kraju.
Europejska tradycja drużyny miała swoje kontynuacje w kolejnych dekadach. Zielono-biali dwukrotnie docierali do półfinału Ligi Mistrzów – w 1985 roku oraz w 1996 roku. Wiosną 1996 roku zapisali się w pamięci kibiców wygraną 1:0 nad Ajaksem w Amsterdamie w pierwszym meczu półfinałowym po bramce, którą zdobył polski napastnik Krzysztof Warzycha. Polak z dorobkiem 288 goli stał się najskuteczniejszym strzelcem w historii klubu, dołączając do grona najważniejszych postaci obok bramkarza Józefa Wandzika czy Dimitrisa Saravakosa.