Paksi FC przebyło drogę od lokalnej drużyny do jednego z ustabilizowanych klubów najwyższej klasy rozgrywkowej na Węgrzech, mimo że pochodzi z miasta znacznie mniejszego od tradycyjnych ośrodków tamtejszego futbolu. Organizacyjna historia współczesnego klubu sięga 1952 roku, kiedy powstało Paksi Kinizsi. Sam futbol w Paks ma jednak starsze korzenie – oficjalna historia klubu odnotowuje mecz miejscowej drużyny uczniowskiej już w 1912 roku. W kolejnych dekadach zespoły z miasta występowały przede wszystkim w rozgrywkach regionalnych i niższych ligach krajowych, stopniowo budując podstawy silniejszego środowiska piłkarskiego.
Droga Paksi do najwyższej klasy rozgrywkowej była procesem stopniowym, a nie efektem jednego przełomowego sezonu. Klub ostatecznie awansował do węgierskiej ekstraklasy i zdołał się w niej zadomowić. Pierwszy wielki sukces na krajowym poziomie przyszedł w sezonie 2010/11, gdy Paksi zajęło drugie miejsce w mistrzostwach Węgier. Wynik miał szczególne znaczenie, ponieważ był pierwszym ligowym medalem w historii klubu i zapewnił mu debiut w europejskich pucharach. Paksi powtórzyło drugie miejsce w sezonie 2023/24, ponownie kończąc rozgrywki jako wicemistrz. Klub dwukrotnie stanął więc na drugim stopniu podium, ale dotąd nie zdobył mistrzostwa Węgier.
Najważniejsze trofeum w historii Paksi pojawiło się w 2024 roku. W finale Pucharu Węgier na Puskás Arénie zespół pokonał po dogrywce 2:0 aktualnego mistrza kraju, Ferencvárosi TC. Kristóf Papp otworzył wynik w 98. minucie, a Zsolt Haraszti ustalił rezultat w końcowych sekundach dogrywki. Spotkanie obejrzało ponad 50 tysięcy widzów, a zwycięstwo dało Paksi pierwszy w historii poważny krajowy puchar. Sukces był tym bardziej znaczący, że rywal przystępował do finału jako aktualny mistrz Węgier.
Paksi obroniło Puchar Węgier również w 2025 roku, ponownie mierząc się w finale z Ferencvárosi. Spotkanie zakończyło się wynikiem 1:1 po dogrywce, a w serii rzutów karnych Paksi zwyciężyło 4:3. Dwa kolejne triumfy wyraźnie zmieniły krajowy dorobek klubu – do historii opartej przede wszystkim na wysokich miejscach w lidze dołączyły dwa krajowe puchary zdobyte w krótkim odstępie czasu.
Sukcesy pucharowe wzmocniły również obecność Paksi w europejskim futbolu. Klub wystąpił w rozgrywkach UEFA już po zajęciu drugiego miejsca w 2011 roku, ale sezon 2024/25 przyniósł jedną z jego najbardziej udanych współczesnych kampanii międzynarodowych. Po odpadnięciu z FC Corvinul Hunedoara w pierwszej rundzie eliminacji Ligi Europy Paksi kontynuowało rywalizację w kwalifikacjach Ligi Konferencji. Węgrzy pokonali AEK Larnaka 5:0 w dwumeczu, a następnie wyeliminowali czarnogórski Mornar, wygrywając łącznie 5:2 i awansując do rundy play-off. Według danych UEFA Paksi rozegrało w tamtej edycji Ligi Konferencji sześć spotkań, odnosząc trzy zwycięstwa, notując dwa remisy i jedną porażkę.
Charakterystycznym elementem tożsamości Paksi jest także wieloletnie nastawienie na węgierskich piłkarzy. Klub stał się kojarzony z budowaniem kadry przede wszystkim w oparciu o zawodników krajowych, co znajduje odzwierciedlenie w przydomku A magyar csapat, czyli „Węgierski zespół”. Takie podejście wyróżnia Paksi w lidze, w której kluby często korzystają z zagranicznych zawodników. Jedną z najbardziej rozpoznawalnych postaci związanych z klubem jest Dániel Böde, który należy do najważniejszych piłkarzy Paksi we współczesnej historii i pozostaje jednym z najlepszych strzelców zespołu w europejskich rozgrywkach.
Paksi rozgrywa mecze domowe na Fehérvári úti Stadion, obiekcie, który towarzyszył klubowi w drodze od futbolu regionalnego do rywalizacji na poziomie krajowym i europejskim. Zielono-białe barwy są częścią tożsamości mocno związanej z miastem Paks, a nie z jednym z największych i najbardziej tradycyjnych ośrodków węgierskiej piłki.
Historia Paksi FC nie jest więc opowieścią o wieloletniej dominacji, lecz o konsekwentnym rozwoju. Od lokalnego futbolu z początków XX wieku i powstania klubu w 1952 roku, przez dwa wicemistrzostwa Węgier, po dwa kolejne Puchary Węgier i coraz bardziej znaczące występy w Europie, Paksi wyrosło na ważnego przedstawiciela współczesnego węgierskiego futbolu. Lokalne korzenie, stawianie na węgierskich zawodników oraz zdolność do rywalizacji z klubami dysponującymi większymi możliwościami finansowymi stały się jednymi z najważniejszych cech jego tożsamości.