Universitatea Cluż należy do klubów, których historia jest wyjątkowo mocno związana z akademickim charakterem miasta. Początki zespołu sięgają 1919 roku, gdy wraz z przeniesieniem do Klużu organizacji studenckiej „Petru Maior” pojawiła się tam również jej organizacja sportowa. Od pierwszych lat klub był związany ze środowiskiem uniwersyteckim, a jego tradycyjne czarno-białe barwy stały się jednym z najbardziej rozpoznawalnych elementów jego tożsamości.
Najważniejszym rozdziałem w historii Universitatea Cluż pozostaje Puchar Rumunii. Klub wystąpił w finale już w pierwszej edycji tych rozgrywek w 1934 roku, a w całej historii docierał do decydującego meczu sześciokrotnie. Jedyny triumf przyszedł w 1965 roku. W finale rozegranym na Stadionie Republicii w Bukareszcie ówczesna Știința Cluj pokonała Dinamo Pitești 2:1. Bramki dla zespołu zdobyli Remus Câmpeanu i Zoltan Ivansuc, a w składzie zwycięskiej drużyny znajdowali się również między innymi Mihai Adam i Simion Moguț.
Sukces z 1965 roku otworzył klubowi drogę do pierwszego występu w europejskich pucharach. W sezonie 1965/66 Universitatea Cluż rywalizowała w Pucharze Zdobywców Pucharów. W pierwszej rundzie dwukrotnie pokonała austriacki Wiener Neustädter — 1:0 na wyjeździe i 2:0 u siebie. W kolejnej fazie trafiła na Atlético Madryt. Hiszpański klub okazał się zdecydowanie lepszy i wygrał oba spotkania, odpowiednio 2:0 w Klużu i 4:0 w Madrycie.
Drugi europejski epizod nastąpił w sezonie 1972/73 w Pucharze UEFA. Universitatea Cluż rozpoczęła rywalizację od efektownego zwycięstwa 4:1 nad Levski Sofia, ale w rewanżu bułgarski zespół wygrał 5:1 po dogrywce i odrobił stratę z pierwszego spotkania. Klub wystąpił później także w Pucharze Intertoto w 1995 roku, lecz nie zdołał awansować z grupy.
W krajowej rywalizacji klub nie może pochwalić się tak licznym dorobkiem trofeów jak najbardziej utytułowane rumuńskie zespoły. Jego znaczenie wynika przede wszystkim z długiej obecności w najwyższej klasie rozgrywkowej, silnej więzi z Klużem oraz tradycji związanej ze środowiskiem akademickim. Do najważniejszych postaci w historii zespołu należą między innymi Mihai Adam, Remus Câmpeanu i Mircea Luca. Ten ostatni przez lata był jednym z symboli klubu, a jego postać została upamiętniona w przestrzeni przy stadionie.
Współczesnym domem Universitatea Cluż jest Cluj Arena, położona w pobliżu historycznego stadionu „Ion Moina”. Klub powrócił do europejskich rozgrywek po ponad pięciu dekadach przerwy, kwalifikując się do UEFA Conference League w 2025 roku. Był to ważny moment dla zespołu, którego ostatni wcześniejszy występ w europejskich pucharach miał miejsce w sezonie 1972/73.
Historia Universitatea Cluż jest więc przede wszystkim historią tradycji, przywiązania do miasta i środowiska uniwersyteckiego. Jeden zdobyty Puchar Rumunii nie oddaje w pełni znaczenia klubu, który już w 1934 roku znalazł się w pierwszym finale krajowego pucharu, a sześć razy docierał do jego decydującego meczu. Powrót na europejską scenę po 53 latach pokazał natomiast, że czarno-biała tradycja pozostaje żywa także we współczesnym futbolu.