Club Brugge KV wywodzi swoje korzenie od klubu Brugsche Football Club, założonego w 1891 roku przez grupę byłych uczniów szkół katolickich, którzy przyjęli łacińską dewizę „mens sana in corpore sano” („w zdrowym ciele zdrowy duch”). To właśnie ten klub uznaje się za najstarszy zespół piłkarski we Flandrii. Obecną, flamandzką nazwę Club Brugge KV drużyna nosi dopiero od 1972 roku — wcześniej, po połączeniu z rywalizującym Football Club Brugeois, funkcjonowała pod francuską nazwą Football Club Brugeois. Prefiks „Koninklijke” (królewski) klub otrzymał w 1920 roku, po zdobyciu pierwszego mistrzostwa Belgii.
Złotą erę w historii klubu zapoczątkował w 1975 roku austriacki trener Ernst Happel, jedna z najbardziej wpływowych postaci w historii europejskiej piłki nożnej. Pod jego wodzą Brugia zdobyła trzy mistrzostwa Belgii z rzędu (1976, 1977, 1978) oraz pierwszy w historii klubu Puchar Belgii w 1977 roku, kompletując tym samym krajowy dublet. Na arenie międzynarodowej klub dwukrotnie dotarł do finału europejskich pucharów, przegrywając oba razy z Liverpoolem: w 1976 roku w finale Pucharu UEFA (porażka 3:4 w dwumeczu) oraz w 1978 roku w finale Pucharu Europy Mistrzów Krajowych, gdzie na Wembley uległ Liverpoolowi 0:1. Do dziś żaden inny belgijski klub nie zagrał w finale najważniejszych rozgrywek europejskich dla mistrzów krajowych.
Drużyna, znana jako „Niebiesko-czarni” (Blauw-Zwart), swoje mecze domowe rozgrywa na stadionie Jan Breydel Stadion, wybudowanym w połowie lat siedemdziesiątych XX wieku jako Olympiastadion i dzielonym z lokalnym rywalem, Cercle Brugge. Rywalizacja obu klubów z Brugii, znana jako derby miasta, należy do najbardziej zaciekłych w belgijskiej piłce nożnej.
Współcześnie Club Brugge pozostaje jednym z dwóch najbardziej utytułowanych klubów w kraju — z 19 tytułami mistrzowskimi ustępuje pod tym względem jedynie RSC Anderlecht. Klub regularnie uczestniczy w fazie grupowej Ligi Mistrzów i konsekwentnie łączy grę na najwyższym europejskim poziomie z modelem finansowym opartym na rozwijaniu i sprzedaży młodych, obiecujących zawodników, co czyni go jednym z najlepiej zarządzanych klubów w Belgii.